Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Population structure and genetic diversity of Lithocarpus litseifolius…

- - - - Sangat polimorpic dan genomic distribusi yang luas
      - tingkat mutasi dan reproduktifitas tingkat tinggi dan kodominan
- - - - DNA genom diekstraksi dari bahan daun kering (50 – 80 mg) menggunakan protokol setiltrimetil amonium bromida yang dimodifikasi (Doyle dan Doyle 1987)
      - Kualitas DNA yang diekstraksi ditentukan pada gel agarosa TBE 1%
      - Menggunakan 10 Pasang primer hasil seleksi 44 primer studi terdahulu
        
        Lithocarpus densiflorus
        Development and characterization of 11 microsatellite markers in Lithocarpus edulis
        
        Lithocarpus densiflorus
        Characterization of microsatellite markers for the tanoak tree, Lithocarpus densiflorus
        
        Quercus rubra
        Microsatellite markers for northern red oak (Fagaceae: Quercus rubra)
    - - Reaksi berantai polimerase (PCR) dilakukan dalam volume total 10 l, yang mengandung 1 l 10 buffer Taq, 0,8 l (2,5 mM) dNTPs, 0,5 U Taq polimerase, 0,3 l masing-masing primer (10 M) dan 1 l (10 ng) DNA cetakan. Primer maju dari setiap pasangan diberi label dengan kelompok fluoresen. Reaksi tersebut dilakukan dalam siklus termal BioRad. Protokol dimulai dengan 94 °C selama 3 menit, diikuti oleh 35 siklus 94 °C selama 30 detik, 30 detik pada suhu anil spesifik lokus (Bahan tambahan Lampiran 2), 30 detik pada 72 °C, akhir langkah ekstensi selama 10 menit pada 68 °C, dan kemudian pendinginan hingga 4 °C. Produk PCR diperiksa dengan ABI 3730 L DNA Analyzer menggunakan GeneScan-500 LIZ sebagai penanda internal. Hasilnya diukur menggunakan Gene-Marker versi 1.8. Alel pribadi yang dipilih diperiksa ulang untuk menghilangkan potensi kesalahan. Alel nol diperiksa menggunakan analisis statistik (Cervus ver. 3.0, Kalinowski et al. 2007).
  - - - Karena ukuran sampel setiap populasi bervariasi dari 10 hingga 32, dan pengambilan sampel yang tidak merata ini dapat mempengaruhi indeks secara signifikan, kami menerapkan prosedur pengambilan sampel ulang (sepuluh individu yang dipilih secara acak per populasi) untuk menghitung indeks keragaman genetik untuk 100 ulangan.
      - Perangkat lunak GenALEX (Peakall dan Smouse 2006) digunakan untuk menghitung indeks keragaman genetik tanpa perlakuan khusus terhadap data yang hilang, termasuk jumlah rata-rata alel per lokus ( Na), indeks informasi Shannon ( I) dan perhitungan statistik F ( FIS, FIT, dan FST). Alel pribadi juga dianalisis menggunakan perangkat lunak ini. Kladogram jarak genetik di antara semua populasi yang diuji dihasilkan dan kepercayaan pada pohon dinilai dengan 1000 ulangan bootstrap.
      - Sebuah perangkat lunak berdasarkan model Bayesian, STRUKTUR diperpanjang (Pritchard et al. 2000), digunakan untuk mengelompokkan semua individu dan menyimpulkan struktur populasi. Jumlah cluster (nilai K) ditetapkan dari satu hingga 11, dan untuk setiap jumlah cluster, dilakukan 20 run, dengan panjang periode burn-in dan jumlah rantai Markov ulangan Monte Carlo setelah burn-in set masing-masing menjadi 25.000 dan 100.000.
      - Nilai Ln P(D) yang dihitung dari setiap K diproses menggunakan metode ad hoc (Evanno et al. 2005) untuk menghitung nilai K, yang akan menunjukkan nilai K yang sebenarnya dengan menunjukkan puncak yang jelas pada grafik distribusi.
      - Microsatellite Toolkit (Park 2001) di Microsoft Excel digunakan untuk mengubah data ukuran alel ke dalam format berbeda yang sesuai untuk analisis lebih lanjut.
    - - Analisis varians molekuler (AMOVA), mengevaluasi variasi genetik yang diamati di antara dan di dalam populasi dan kelompok genetik, dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Arlequin (Excoffi er dan Lischer 2010). Ke-11 populasi tersebut kemudian dibagi menjadi dua dan empat kelompok terpisah, dengan mempertimbangkan faktor geografis dan hasil analisis struktur genetik. Varians dalam populasi, di antara populasi dalam kelompok, dan di antara kelompok dianalisis setelah pengelompokan. Analisis ini menggunakan prosedur permutasi non-parametrik yang menggabungkan 10.000 iterasi.
      - Selain itu, semua lokus diuji untuk penyimpangan dari kesetimbangan Hardy – Weinberg (HWE) menggunakan Arlequin dengan 100.000 langkah dalam rantai Markov dan 100.000 langkah dememorisasi (Guo dan Th ompson 1992). Nilai FST yang menunjukkan diferensiasi genetik antara semua pasangan populasi dihitung menggunakan perangkat lunak FSTAT (Goudet 1995)
      - Hubungan antara jarak geografis (bahan tambahan Lampiran 4) dan jarak genetik dianalisis dengan uji Mantel menggunakan Isolation By Distance Web Service (Mantel 1967, Jensen et al. 2005). Sebelum analisis ini, jarak geografis antar populasi diukur berdasarkan garis lintang dan garis bujur, menerapkan rumus Vincenty ( <www.movable-type.co.uk/scripts/latlong-vincenty.html >), dan jarak genetik berpasangan diperkirakan sebagai FST/(1 – FST), menggunakan rumus Rousset (Rousset 1997).
- - - - 170 alel pada sepuluh lokus mikrosatelit diamplifikasi dari 242 individu . alel polimorfik pada setiap lokus berkisar antara 3 hingga 39, dengan rata-rata 17 dengan 69 adalah alel pribadi dengan frekuensi di bawah 1%
    - - frekuensi alel nol dari tiga lokus, C5, C7, dan C14, mendekati nol atau negatif. Yang lain relatif lebih tinggi (Tabel 1), menunjukkan kemungkinan adanya alel nol.
    - - Heterozigositas ( Ho ) yang teramati lebih rendah dari heterozigositas yang diharapkan
    - - nilai koefisien perkawinan sedarah ( FIS ) 0,19 dan nilai FST 0,14, menunjukkan kurangnya heterozigositas dan diferensiasi genetik yang relatif besar antar populasi.
    - - Aliran gen (Nm) berkisar dari 1,11 hingga 2,83 dan rata-rata 1,79, menunjukkan tingkat aliran gen yang moderat di antara populasi (Tabel 1).
      - Lebih dari setengah populasi menyimpang dari keseimbangan HardyWeinberg (HWE) di lebih dari lima lokus.
      - Tidak ada atau hanya satu populasi yang sesuai dengan HWE di lokus B15, C12 dan C6. Enam populasi monomorfik pada lokus C1 dan populasi BM monomorfik pada lokus C7
  - - - dianalisis dengan pendekatan bayesian dengan jumlah klaster (K 2) dibagi menjadi dua dan alternatif klaster dibagi menjadi tiga (K 3)
      - lebih dari 80% individu menunjukkan nilai leluhur yang kuat, lebih tinggi dari 0,90, mengidentifikasi posisi mereka di salah satu dari dua kelompok
      - Kurang dari sepuluh individu menunjukkan nilai keturunan yang rendah, di bawah 0,60.
    - - Berdasarkan AMOVA : varians genetik terutama disebabkan oleh variasi dalam populasi dengan persentase varians dalam populasi mencapai 88 – 90%.
      - Varians kelompok di antara kelompok geografis mengungkapkan bahwa 4,62% dari varians dijelaskan oleh faktor geografis
      - Berdasarkan Fst : bahwa tidak ada pasangan populasi yang dibedakan secara signifikan.
      - Uji Mantel (Gbr. 4) juga menunjukkan bahwa jarak genetik dan geografis tidak berkorelasi
      - Jarak genetik Rousset tertinggi antara populasi PJK dan H, dan terendah antara FSL dan BS, menunjukkan bahwa jarak geografis tidak konsisten dengan jarak genetik
- - - - Ha dan Ho sebagai parameter keragaman di tingkatan individu (selain alel polimorfis)
      - Heterogenesitas beberapa diantaranya dipengaruhi oleh umur tanaman dan metode penyerbukan (penyerbukan silang dan dengan anggin cenderung Heterogenesitas tinggi)
      - Faktor yang dapat mengurangi Heterosigositas : distribusi marjinal dan hambatan geografis, seperti gunung dan sungai
      - Karakter L. litseifolius : Berumur panjang dan entomophilous
      - Keragaman L. litselifolius :moderat. Nilai rata-rata Ho dan He adalah 0,43 dan 0,52 dimana ini lebih rendah dari Fagaceae lainnya Baik yang bersifat anemophilous maupun entomophilous
      - Metode penyerbukan tidak menjelaskan rendahnya keragaman
      - Hal ini lebih dikarenakan populasi alami L. litseifolius telah dipengaruhi secara signifikan oleh aktivitas manusia seperti pemanenan berat, pemangkasan kepala, dan pemindahan dari kondisi alami ke perkebunan teh
    - - defisiensi heterozigositas juga terjadi di sebagian besar populasi yang dimungkinkan karena perkawinan sedarah dalam populasi, (efek Wahlund) atau faktor lain seperti intervensi manusia
      - populasi alaminya terganggu oleh kegiatan pemanenan, dan individu-individunya dipisahkan oleh spesies pohon lain mengakibatkan penghalang yang efektif untuk aliran gen
      - Oleh sebab itu, dapat mengurangi variasi genetiknya
  - - - Teori : Nm 1 menunjukkan diferensiasi yang signifikan antara populasi yang disebabkan oleh pergeseran genetik, sedangkan Nm 1 menunjukkan bahwa pergeseran genetik secara efektif dilawan oleh aliran gen. Nilai Nm yang lebih tinggi dari empat menunjukkan aliran gen yang cukup
      - Aliran gen jenis ini : 1,11-2,83, dengan rata-rata 1,79, yang menunjukkan adanya aliran gen
      - Kesimpulan : konsisten dengan diferensiasi yang tidak memadai yang diungkapkan oleh nilai-nilai FST dan variasi di dalam populasi yang tinggi yang diamati pada AMOVA
    - - Nilai Fst menunjukan variasi tinggi di dalam populasi bila dibandingkan tumbuhan kayu berumur panjang lainnya
      - tidak ada pasangan populasi yang dibedakan secara signifikan, menunjukkan adanya aliran gen di antara populasi. Kondisi serupa telah terungkap di banyak spesies Fagaceae lainnya, baik penyerbukan angin maupun penyerbukan serangga
      - jarak longitudinal dan latitudinal mungkin bukan faktor utama yang mempengaruhi diferensiasi genetik, dan topografi serta elevasi juga harus dipertimbangkan.
      - Keragaman genetik saat ini, distribusi dan struktur genetik spesies ini dapat ditentukan oleh kombinasi faktor alam dan aktivitas manusia.