Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Species and genetic diversity of Fagaceae in Northern Thailand based on…

- - - - DNA genom total diekstraksi dari sampel daun kering seperti pada Anamthawat-Jónsson dan Heslop-Harrison (1995), menggunakan buffer ekstraksi DNA yang mengandung 2% (b/v) CTAB (hextrimethylammonium bromide),2% (w/v) PVP (Polyvinylpyrrolidone ), 1,4 M NaCl, 20 nM EDTA, 100mM Tris-HCL pH 8,0 dan 2% (v/v) 2-mercaptoethanol.
    - - Metode sidik jari berbasis PCR, ISSR oleh Zietkiewicz et al. (1994), digunakan untuk mendeteksi situs variabel di daerah mikrosatelit genom. setelah penyaringan awal 32 Penanda ISSR yang disediakan dalam set primer #9 dari Laboratorium Bioteknologi, Universitas British Columbia, Vancouver, Kanada pada dua hingga tiga spesies dari setiap genus, 10 primer dipilih (tabel 1). Primer-primer ini menghasilkan sejumlah besar pita berbeda (polimorfik) di semua genera dan spesies yang diuji.
    - - Amplifikasi ISSR dilakukan dalam volume akhir 30 nl yang mengandung total DNA genom 10-20 ng, masing-masing 200 nM dNTP, primer 0,25 nM, 3,0 nM MgCl2, 1 unit Taq DNA polimerase (Fermentas, USA) dan 1 x buffer PCR (juga dari Fermentas). Reaksi amplifikasi dilakukan dalam thermocycler (Techne, UK) dengan ketentuan sebagai berikut: tahap denaturasi awal pada 94 C selama 3 menit, 45 siklus 94 C selama 45 detik, 52 C selama 45 detik dan 72 C selama 10 menit. Fragmen amplifikasi dipisahkan dalam gel agarosa 1,7% dan ukuran pita amplifikasi diperkirakan menggunakan penanda GeneRuler 100bp DNA Ladder Plus (Fermentas). Reproduksibilitas amplifikasi ISSR dipastikan di seluruh percobaan dengan mengulangi reaksi PCR untuk setiap sampel tanaman setidaknya dua kali dan menggunakan sampel yang tumpang tindih sebagai referensi dalam percobaan amplifikasi yang berurutan. Hanya profil ISSR yang dapat direproduksi dan benar-benar dapat dinilai yang dianalisis lebih lanjut.
    - - Produk amplifikasi ISSR dinilai dari setiap sampel tanaman sebagai ada (1) atau tidak ada (0). Matriks kesamaan berpasangan dibangun dari skor ini menggunakan koefisien kesamaan Dadu (Dice 1945). Sebuah fenogram dibangun menggunakan NTSYS-PC versi 2.1 (Rohlf 1998) berdasarkan metode kelompok pasangan tidak tertimbang dengan rata-rata aritmatika (UPGMA). Untuk menguji keandalan pohon, dilakukan pengujian bootstrap dengan 100 ulangan menggunakan program PHYLIP Seqboot, Restdest, Neighbor dan Condense (Felsenstein 2004
- - - - Castanopsis : daun bergerigi atau halus; kulit bagian dalam halus; perbungaan tegak (kelompok bunga tegak); banyak benang sari; buah biasanya tertutup duri
      - Lithocarpus : daun biasanya utuh; kulit bagian dalam dengan punggung sempit; perbungaan tegak; enam benang sari; buah-buahan sebagian besar atau sebagian tertutup oleh
        cupules, tidak berduri
      - Quercus : Daun biasanya serate; kulit bagian dalam dengan punggung sempit; catkins jantan terjumbai; enam benang sari; buah sebagian tertutup cupules, tidak berduri
  - - - Dapat terjadi karena kasus klasifikasi yang salah karena sampel ini diidentifikasi berdasarkan daun saja.
      - Morfologi daun lebih bervariasi di Castanopsis daripada di genera lain (Phengklai et al. 2006)
      - L. vestitus yang dianalisis, tampaknya merupakan pohon poliploid (Chokchaichamnankit 2005), dan ini mungkin mempengaruhi morfologi tanaman dan akibatnya pada identifikasi taksonomi
      - L. sootepensis. Ini adalah spesies baru yang baru-baru ini dideskripsikan menggunakan spesimen tipe dari Doi Sootep di provinsi Chiang Mai
- - - - Castanopsis banyak ditemukan di hutan selalu hijau pegunungan dengan canopy yang tertutup
      - Lithocarpus sedikit berbeda dengan Castanopsis yang lebih sering ditemukan di area yang memiliki canopy terbuka
      - Quercus lebih banyak ditemukan di hutan decidious
    - - Kondisi hutan di Thailand telah mengalami berbagai perubahan dikarenakan rezim hutan komersial
      - Masyarakat semain sadar akan pentingnya pemulihan hutan
      - Spesies Fagaceae adalah salah satu pohon yang paling penting untuk membuat pemulihan hutan di Thailand utara menjadi usaha yang sukses
  - - - Ditemukan juga Fagaceae endemic thailand yaitu L. sootepensis dan Q. lenticellatus
      - Keragaman genetik khususnya Fagaceae di utara Thailand terkonfirmasi dengan sebaran genus Castanopsis mulai dari himalaya hingga malesia begitupula Lithocarpus yang banyak tersebar di indochina-malesia sedangkan Quercus mencapai jepang dan korea.
    - - Marka Dominan seperti ISSR berguna untuk memeriksa variasi genetik awal dan pusat keragaman genetik
      - ISSR tidak dapat menemukan variasi spesifik suatu lokus untuk mencari hubungan filogenetik pada tingkat species dan taxon lebih tinggi
      - Hasil molekuler ISSR sesuai dengan klasifikasi taksonomi sebagai genus dan sebagian besar spesies relatif terpisah dengan baik
    - - Terdapat dua Lithocarpus yang masuk kedalam group Castanopsi
      - Penelitian berbasis crhomosome dapat dilakukan untuk analisis taxonomy (ribosomal gene mapping)
      - Kedua Lithocarpus tersebut diklasifikasikan hanya berdasarkan organ vegetatif dikarenakan tidak pernah ditemukan buah dan biji
      - Penelitian taxonomy terhadap dua jenis itu merupakan study yang menarik