Atividade de defesa da porção condutora as inúmeras células caliciformes do epitélio respiratório, junto com pequenas glândulas situadas na mucosa dos tubos secretam uma grande quantidade de muco, que se deposita sobre a superfície do epitélio em forma de uma lâmina, que é continuamente deslocada por batimento ciliar ao longo do lúmen em direção à faringe . Assim, grande parte das partículas de microrganismos adere a essa lâmina de muco e não alcança os alvéolos, que são uma região frágil do sistema respiratório
Outro mecanismo de defesa importante é a presença de uma barreira de linfócitos abaixo do epitélio, além de nódulos linfáticos e linfonodos distribuídos na mucosa ou externamente aos tubos da porção condutora
Além de linfócitos, a mucosa também possui macrófagos e plasmócitos
OBS: em vários locais da mucosa respiratória, desde das cavidades até a laringe existe uma maior presença de epitélio estratificado pavimentosos do que epitélio respiratório, pois o Ep.e.p oferece uma proteção melhor ao atrito e regiões expostas ao fluxo de ar, quando ocorre modificações na corrente de ar determinadas áreas do epitélio pseudoestratificado se transforma em epitélio estratificado pavimentoso
Nos tabagistas, ocorre o aumento no número das células caliciformes (aumenta a produção de muco e retenção de poluentes) e diminuição das células ciliadas (devido ao excesso de CO2, diminui a movimentação do muco) isso gera uma obstrução parcial dos ramos da porção condutora