En 1941 se publicaron los primeros casos que demostraban más allá de toda duda que un agente ambiental (el virus de la rubeola) podía causar defectos congénitos severos, como cataratas, problemas cardíacos y sordera, cuando la madre padecía la infección durante el período crítico del desarrollo embrionario de los ojos, el corazón y los oídos. En la década de 1950 se demostró la aparición de defectos severos en los miembros, así como otras malformaciones importantes, en los hijos de mujeres que habían tomado un sedante denominado talidomida durante las primeras fases de su embarazo. Estos descubrimientos centraron la atención de la clase médica en los medicamentos y los virus como etiología (causa) de las malformaciones congénitas humanas. Se ha estimado que del 7 al 10% de las malformaciones congénitas humanas se deben a los trastornos inducidos por medicamentos, virus y tóxicos ambientales.
Mundialmente, más del 10% de los fallecimientos de lactantes (20% en Norteamérica) se atribuyen a defectos congénitos. Las malformaciones estructurales importantes como, por ejemplo, la espina bífida quística, se observan en aproximadamente el 3% de los recién nacidos. Otros defectos congénitos pueden detectarse después del nacimiento, de manera que su incidencia alcanza alrededor del 6% en los niños de 2 años y del 8% en los de 5 años. Las causas de las malformaciones congénitas se clasifican a menudo en los grupos siguientes:
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