Fase Aguda Inicial: Síntomas variados, malestar de garganta, fiebre, pérdida de peso, fatiga, diarrea, vómitos, linfadenopatías. Aparecen entre 3 y 6 semanas después de la infección y ceden espontáneamente de 2-4 semanas más tarde. Existe viremia muy elevada en plasma.
Período de Ventana: Duración de semanas hasta 6 meses. Los pacientes permanecen negativos para anticuerpos. Pueden o no existir síntomas de infección aguda
Fase crónica intremedia: Los pacientes están generalmente asintomáticos. El sistema inmunitario está intacto, la replicación del VIH es constante. Puede prolongarse durante varios años.
Fase de crisis final: Los síntomas son fundamentalmente: fiebre persistente (>1 mes), fatiga, pérdida de peso y diarrea. Tras un intervalo variable se producen graves infecciones oportunistas, neoplasias secundarias o una enfermedad neurológica clínica y se dice que el paciente ha desarrollado SIDA.