Tijdens de jaren 90 maakte BA goede tijden door, met de slogan The World's Favourite Airline. Later nam het ook een belang van 25% in Qantas en kocht het Brymon Airways aan. In 1993 verliet Sir John King het bedrijf en werd vervangen door Colin Marshall. In 1999 maakte BA een crisis door, toen 84% minder winst binnen kwam. CEO Robert Ayling werd overgeplaatst in maart 2000. Opvolger Rod Eddington besloot door te gaan met het bezuinigen op de werkvloer, wat mede het gevolg was van de aanslagen op 11 september 2001. Op 8 september 2004 maakte BA bekend dat het 18,5% van zijn aandelen in Qantas zou verkopen, maar dat de strategische alliantie wel voortgezet zou worden, vooral op de Kangaroo Route.
In september 2005 kreeg BA een nieuwe CEO, de voormalige baas van Aer Lingus, Willie Walsh. Aan het begin van 2008 lanceerde BA een nieuwe dochtermaatschappij OpenSkies, die vooral gericht is op trans-Atlantische zakenreizigers.