Os principais agentes infecciosos das diarreias agudas são: vírus (rotavírus, norovírus, adenovírus e astrovírus), bactérias (Salmonella, Shiguella, S. aureus E.coli, principalmente a enterotoxigênica, Clostridioides difficile, Yersínia, Campylobacter, Vibriocholerae), helmintos (Ascaris, Estrongiloide, Necator americanus, Ancylostoma duodenalis), além de protozoários como Giardia e Entamoeba histolytica.