En las últimas tres décadas, las luchas e iniciativas de los pueblos indígenas en varios países latinoamericanos han dado lugar a la creación de universidades y otros tipos de instituciones de educación superior. Algunas de ellas han sido establecidas y son gestionadas por organizaciones de estos pueblos, otras han sido creadas por agencias gubernamentales. Adicionalmente, diversos tipos de programas especiales han sido instituidos, en algunos casos mediante convenios entre organizaciones indígenas y universidades “convencionales”, en otros como unidades académicas al interior de estas últimas, o bien bajo la forma de programas de cupos especiales, becas, y/o apoyo académico y psicosocial. Algunas de estas experiencias han logrado desarrollar modalidades sostenibles de “colaboración intercultural”, otras están construyéndolas, otras continúan intentándolo, en tanto otras no pasan de invocar la expresión “diálogo de saberes” sin lograr los avances esperados. Basado en estudios sobre aproximadamente un centenar de experiencias de estos tipos en once países latinoamericanos, así como en aprendizajes derivados del acompañamiento e intercambios con los equipos de trabajo de muchas de ellas, este artículo ofrece algunas reflexiones sobre las dificultades, conflictos y desafíos, que se presentan al avanzar desde el tantas veces invocado “diálogo de saberes” hacia modalidades sostenibles de “colaboración intercultural” en docencia, investigación y/o extensión.