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Banco de dados, Características, TIPOS - Coggle Diagram

- - - - Fornece à comunidade científica um recurso abrangente, de alta qualidade e de livre acesso de sequência de proteínas e informações funcionais.
      - Ferramentas
        
        BLAST
        
        Encontra regiões de similaridade local entre sequências, que podem ser usadas para inferir relações funcionais e evolutivas entre sequências, bem como ajudar a identificar membros de famílias de genes.
        
        Alinhar
        
        Mapeamento de recuperação / ID
        
        Pesquisa de peptídeo
    - - componente habilmente curado do UniProtKB (produzido pelo consórcio UniProt)
      - Contém centenas de milhares de descrições de proteínas, incluindo função, estrutura de domínio, localização subcelular, modificações pós-tradução e variantes caracterizadas funcionalmente.
    - - Agrupa sequências semelhantes antes das etapas subsequentes na montagem do genoma.
      - Montagem de sequência
      - Ferramentas
        
        Ferramentas SNP
        
        Ferramentas GWAS
        
        Ferramentas de Imputação de Genótipo
        
        Ferramentas MSA
        
        Ferramentas CNV
        
        Ferramentas WGA
        
        Ferramentas de RNA-seq
        
        Ferramentas de Proteômica
        
        Ferramentas de análise de estrutura de ácido nucléico
        
        Ferramentas de análise de sequência de ácido nucléico
        
        Ferramentas de logotipo de sequência
        
        Ferramentas de software internas
    - - Define sequências genômicas a serem usadas como padrões de referência para genes bem caracterizados e faz parte do Projeto Locus Reference Genomic
      - Ferramentas
        
        Remapeamento clínico
        
        Genome Workbench
        
        Visualizador de dados genômicos
        
        RefSeqGene BLAST
        
        Variation Reporter
    - - Dados de genes de rRNA 16S completo e dedicado que fornece aos usuários uma taxonomia com curadoria baseada na inferência de árvore de novo
      - Ferramentas
        
        Microalgas são hospedeiros potenciais para a biossíntese industrial de compostos valiosos.
        
        Sequências genômicas de muitas microalgas estão disponíveis, mas a anotação fica para trás.
        
        Propomos uma abordagem integrativa para melhorar a anotação de proteínas de algas.
        
        A modelagem da biologia de sistemas de microalgas é crucial para facilitar a engenharia de algas.
  - - - No formato Fasta, GenBank ou EMBL
    - - Sequências quase completas ( > 1200 bases), parciais curtas ou ambos
  - - - Apoiar a anotação, análise e distribuição do genoma microbiano e conjuntos de dados do microbioma sequenciados no Joint Genome Institute (JGI) do DOE.
  - - - Conjunto do Genoma
      - Anotação do genoma
      - Análise de RNA-Seq
      - Classificação Metagenômica
    - - Resistência Antimicrobiana
      - Genomas
      - Características genômicas
      - Caminhos
      - Famílias de Proteínas
      - Genes Especiais
      - Transcriptômica
  - - - Pacote de software ARB representa um pacote orientado graficamente e totalmente integrado de ferramentas de software cooperativas para manipulação e análise de informações de sequência.
    - - totalmente alinhado e atualizado bancos de dados "Parc" de RNA ribossômico pequeno (16S / 18S, SSU) e grande (23S / 28S, LSU) na página da web, bem como arquivos ARB
      - subconjuntos pré-configurados de apenas sequências completas de alta qualidade como arquivos ARB e FASTA (SSU / LSU Ref)
      - funcionalidades extensivas de navegação e pesquisa para recuperação de sequência
      - um sistema de classificação claro para todas as etapas de processamento de dados com ênfase na qualidade de sequência e alinhamento
      - compatibilidade total com o pacote de software ARB e os alinhamentos oficiais mais recentes lançados pelo projeto ARB
      - compatibilidade com muitos programas comuns como Phylip ou Paup via exportação direta Fasta ou o programa ARB
- - - - É um banco de dados de ontologia que representa hierarquias funcionais de vários objetos biológicos, incluindo moléculas, células, organismos, doenças e drogas, bem como as relações entre eles
- - - - FASTA
    - - European Molecular Biology Laboratory (EMBL) e o DNA DataBank of Japan (DDBJ).
        
        Juntos esses três bancos formam
        
        International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)
- - - - Identificadores, anotações funcionais e informações taxonômicas
    - - Análise de dados
        
        BLAST
        
        BLAT
      - FASTA
    - - Ribossomal com propriedades semelhantes.
      - Proteína