Al morir el infante Alfonso de Castilla (1468) y ser reconocida la infanta Isabel, hermana de Enrique IV, como heredera de Castilla, Juan II de Aragón puso toda la habilidad posible para conseguir el matrimonio de su hijo Fernando con la princesa castellana, que se produjo en octubre de 1469. En los años siguientes Isabel y Fernando, que serían conocidos como los Reyes Católicos, se dedicaron a afianzar su autoridad sobre sus reinos: de este modo en Castilla se institucionalizó la figura del corregidor (1480), se creó la Inquisición (1481), se sancionó a los nobles rebeldes y se reorganizó la hacienda real. A su muerte designó heredera del reino de Aragón a su hija Juana la Loca y gobernador a su nieto Carlos (el futuro emperador Carlos V).
