Essas doenças também afetam camadas diferentes dos tecidos. Na doença de Crohn todas as camadas teciduais ficam inflamadas, ou seja, a profundidade da lesão é maior. Na retocolite ulcerativa ela se mantém na porção superficial da parede do intestino.Também existe uma diferença no que se refere à idade em que esses problemas se manifestam. A doença de Crohn é percebida com mais recorrência em pessoas jovens, geralmente antes de 30 anos. A retocolite, por sua vez, é mais comum após os 30 anos, sendo os casos ainda mais frequentes em pacientes que já atingiram 50 ou 60 anos.