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:red_flag: CONSTRUÇÃO DO BANCO DE DADOS DE PROTEÍNA - Coggle Diagram
:red_flag: CONSTRUÇÃO DO BANCO DE DADOS DE PROTEÍNA
1
: SELEÇÃO DE PROTEÍNA- MOLDE
FATORES PARA A CONSTRUÇÃO:
ESTRUTURA PRIMÁRIA DA PROTEÍNA-ALVO E PROTEÍNA-MOLDE
IDENTIDADE ENTRE AS SEQUÊNCIAS ACIMA DE 25%
BUSCAR A SEQUÊNCIA DE PROTEÍNA- ALVO
BUSCAR O MOLDE (NO PDB) E BAIXAR, ANALISANDO VALORES DE IDENTIDADE (PER IDENT), COBERTURA(QUERY COVER), E-VALUE E VERIFICAR ENZIMAS DE INTERESSE.
2
: ALINHAMENTO DAS SEQUÊNCIAS DO MOLDE E DO ALVO
APÓS A SEQUÊNCIA NO FINAL DO ARQUIVO DEVE-SE INSERIR UM '*' E SALVAR COMO ".TXT " . O NOME DADO PARA A PROTEÍNA-ALVO NÃO DEVE SER ALTERADO NOS PRÓXIMOS PASSOS
3 ARQUIVOS DEVEM ESTA NO DIRETÓRIO
2- ARQUIVO PDB DO MOLDE
3- SCRIPT DE ALINHAMENTO NA LINGUAGEM DE CONTROLE COMO PYTHON
1- ARQUIVO DA SEQUÊNCIA DA PROTEÍNA A SER MODELADO PELO FORMATO DE PIR OU FASTA, COM CABEÇALHO CARACTERÍSTICO DO FORMATO PIR, POR EXEMPLO: > P1; nome da proteína-alvo sequence: nome da proteína-alvo::::
PODENDO SER ENCONTRADO EM BD COMO UNIPROT E GENBANK
3
: AVALIAÇÃO DO MODELO
3
: CONSTRUÇÃO DO MODELO
OBJETIVO DE ENCONTRAR O MÍNIMO GLOBAL DE ENERGIA E CONFORMAÇÃO ENTRE A ESTRUTURA MOLDE E A OTIMIZAÇÃO EM RELAÇÃO A SEQUÊNCIA ALVO.
3
ARQUIVOS SÃO NECESSÁRIOS:
•ARQUIVO DE ALINHAMENTO GERADO NA ETAPA ANTERIOR
•ARQUIVO PDB DO MOLDE
•SCRIPT DA CONSTRUÇÃO DO MODELO NA LINGUAGEM DE CONTROLE. SUBSTITUA O NOME DOS ARQUIVOS ( NEGRITO) PELO NOME DOS SEUS ARQUIVOS E SALVE COMO "GERAR _MODELO.PY". O NÚMERO DE MODELOS SERÁ INDICADO NAS 3 ÚLTIMAS LINHAS DO CÓDIGO.
APÓS A CONSTRUÇÃO DE MODELOS PARA A PROTEÍNA-ALVO É NECESSÁRIO VERIFICAR SE EXISTEM POSSÍVEIS ERROS COMO POR EXEMPLO, ERROS NO ALINHAMENTO OU ESCOLHA ERRADA DO MOLDE TRIDIMENSIONAL USADO.
AVALIAÇÃO DO MODELO PELO SERVIDOR SAVES
OBSERVA A ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL