Más de 8,000 especies de insectos han sido recolectados y clasificados. Myriads de mosquitos puede transmitir enfermedades como malaria y fiebre amarilla. Las hormigas cortadoras de hojas son frecuentes, al igual que las ubicuas moscas pequeñas negras conocidas como piones en Brasil.
Luciérnagas, abejas, avispones, avispas, escarabajos, cucarachas, cigarras, ciempiés, escorpiones, garrapatas, insectos rojos y arañas gigantes son abundantes.
Los animales acuáticos también incluyen delfines de río (Inia geoffrensis); el capibara semiacuático, el roedor más grande del mundo ; y la nutria, o coipo, valorada especialmente por su piel. Otros roedores comunes son la paca, el agutí, el puercoespín y las especies locales de ardillas, ratas y ratones.
Los caimanes son cazados por sus pieles, las tortugas de río y sus huevos son considerados un manjar, y la vaca marina gigante, o manatí, es buscada por su carne y aceite. Todos están amenazados por la caza excesiva, y el manatí ha sido incluido como una especie en peligro de extinción.
Con aproximadamente el 30% de América del Sur, la cuenca del río Amazonas alberga más de 2.000 especies diferentes de peces que son endémicas de la región del Amazonas, esto incluye 15,000 afluentes. Brasil tiene algunos de los peces más interesantes y más grandes en la región, mientras que muchos más residen en las aguas de los otros países que son el hogar de la Amazonia.
Alrededor de 400-500 tribus amerindias indígenas llaman hogar a la selva amazónica. Se cree que alrededor de cincuenta de estas tribus nunca habían tenido contacto con el mundo exterior.