Trong quá trình chế biến thực phẩm, để phòng tránh ngộ độc thực phẩm, cần giữ vệ sinh trong quá trình chế biến bằng cách rửa tay thường xuyên bằng xà phòng trước khi chế biến thức ăn, trước khi ăn và sau khi đi vệ sinh. Biện pháp này có thể ngăn ngừa vi khuẩn nhiễm chéo vào thực phẩm từ các đồ dùng, từ thực phẩm sống và chín. Thức ăn cần nấu chín kỹ và ăn ngay sau khi nấu. Ngoài ra, dụng cụ dùng để chế biến và chứa thức ăn cần đảm bảo sạch sẽ an toàn như dao, thớt, xoong, bát, đĩa…