A RCUI é uma condição associada a uma resposta Th-2 atípica, onde IL-12 e IL-23 estimulam a diferenciação das células T em Th-2, Th-17 e NK, com produção aumentada de IL-4, IL-5, IL-13 e IL-17. Além das células T–helper, outro grupo celular é formado.
As células T regulatórias (Treg) têm função de monitorar a resposta imunológica e prevenir sua ativação excessiva. Aparentemente, o número e a função das células Treg estão alterados nas DII. Ainda faltam estudos sobre este tipo celular. Infelizmente, ainda não é possível manipular os fatores genéticos e ambientais que estão associados.
No entanto, o conhecimento das alterações na microbiota intestinal e das citocinas inflamatórias envolvidas no aparecimento e perpetuação da inflamação, auxiliam no seu tratamento adequado e na pesquisa de novas drogas.