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Métodos moleculares para estudo dos microrganismos no solo - Coggle Diagram
Métodos moleculares para estudo dos microrganismos no solo
Estudo de isolados
Técnicas de fingerprinting
ARDRA
Diferencia a nível de linhagem, revela polimorfismo dos fragmentos. Fácil análise e reprodução.
RAPD
Quando não se conhece previamente o genoma. Consegue diferenciar linhagens. Há controvérsias quanto a sua repetibilidade.
RFLP
Não é muito utilizado mais, se desdobrou em outras metodologias (ex. ARDRA).
Rep-PCR
Para regiões repetidas e sequências curtas. Melhor repetibilidade. Discrimina a nível de espécie.
Estudo de comunidades
Técnicas de fingeprinting
DGGE
Avalia papel da comunidade total. Diferencia grupos microbianos entre as comunidades. Permite sequenciamento posterior mas resolve as bandas sem ele.
T-RFLP
Marcadores fluorescentes são utilizados para detectar fragmentos. Estima diversidade e é semi-quantitativo Diferencia a nível de espécie.
FISH
Depende de microscopia. Não demanda extração porque o DNA é exposto para ser analisado no microscópio. Permite observar distribuição espacial dos grupos.
Biblioteca gênica
Usado para diversidade de genes funcionais. Utiliza-se da PCR, as amostras são ligadas a um vetor e clonadas. Permute observar a abundância do microrganismo no ambiente.
Metagenômica
Funcional
Metagenoma é clonado e feita a triagem. Estuda as sequências e suas funções.
Sequenciamente de anplicos
Para estudos da microbiota
Sequenciamento shotgum
Para estudos do miccrobioma