O pagamento por desempenho deve ser baseado no monitoramento quadrimestral de indicadores clínicos e epidemiológicos, a serem definidos em cada ano: inicialmente, em 2020 seriam focados nas gestantes, saúde da mulher, saúde da criança e nas doenças crônicas. Em 2021, seriam adicionados indicadores relacionados a Infecções Sexualmente Transmissíveis (IST), tuberculose e saúde bucal, e subtraídos aqueles referentes a gestantes e doenças crônicas. Em 2022, seriam mantidos somente os indicadores de IST, adicionando outros para saúde mental e doenças crônicas, além de alguns “Indicadores Globais”. Na Portaria n° 3.222 de 10 de dezembro 2019, o MS determinou quais seriam os indicadores a serem medidos em 2020 e quais os critérios para a definição dos indicadores de 2021 e 2022.