Várias teorias têm sido propostas, envolvendo a inervação do piloro, o controle hormonal, as proteínas da matriz extracelular, as inervações peptidérgica e nitrérgica e, recentemente, as alterações nos fatores de crescimento da musculatura lisa.
Acredita-se, hoje, que alterações primárias da inervação do sistema nervoso entérico, associadas à ausência de ONS e células intersticiais de Cajal, sejam teorias mais promissoras para explicar a fisiopatologia da EHPI.