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PCR - Coggle Diagram
PCR
PCR em Tempo Real
Polimerase a partir de um RNa 5'-3'
RT- Transcriptase Reversa
PCR quantitativo
DNA > RNA > DNA (RT PCR)
DNA > RNA > Proteína (normal)
PCR AFLP
Utilizado quando o genoma é desconhecido
Primers adaptadores
Enzimas de restrição
Reconhecer polimorfismos
PCR RAPD
Forward
Reverse
Sequência iniciadora única
Usado quando não se tem conhecimento sobre o genoma analisado
PCR
in situ
Analise no local que está o nucleico
Detecta DNA exógeno dentro da célula
Indireta
Reagentes na lâmina
Utiliza sonda
Direta
Uso de dNTPs
Emite luz devido a amplificação
PCR de Colônia
Clonagem
Identifica se o DNA exógeno se ligou ao vetor (presença ou ausência)
Vetor específico
Tamanho do Amplicon
Inserto específico
Presença do Amplicon
Orientação específica
Presença do Amplicon
Primer do vetor
Primer do inserto
Observa se o inserto foi inserido corretamente
PCR Nested e Semi-nested
2 pares de primers (nested)
Um primer ja usado na reação e outro diferente (semi-nested)
Aumento de sensibilidade e/ou especificidade
PCR RFLP
Analise de polimorfismos e SNIPS
PCR + Clivagem com enzima de restrição + Eletroforese
PCR
Long and Accurate
Alta processividade
Atividade 3'-5' exonuclease
PCR Convencional
3 etapas
1- Desnaturação (rompimento das pontes de hidrogênio)
2- Anelamento (inserção dos primers)
3- Extensão (DNA polimerase)
Replicação dentro do tubo de ensaio
PCR Assimétrico
Não é usado em quantidades equimolares
Amplifica uma fita em detrimento de outra
Primer abundante
Primer limitante
PCR
Hot Start
Reduz amplificações não específicas
3 mecanismos
1- Manualmente
2- Barreira física
3- Proteínas acessórias
TAQ polimerase / Primer / dNTPs
Cera
PCR
Touch Down
Aumento de especificidade
Primers desenhados a partir de aminoácidos
PCR Alelo Específico
Amplificação específica de um determinado alelo
Desenho de um primer específico
2 reações de PCR
Alelo 2 OCA2 - T
Alelo 1 OCA2 - C
PCR Multiplex
Amplificação de mais de um produto por vez
Usado para diagnosticar distrofia muscular de Duchenne
Não complementares
Tamanhos similares (não tão diferentes)
Economiza tempo e reagentes
PCR SSLP
Polimorfismo de comprimento de sequência simples
VNTR
STR
DNA hipervariavel
PCR Inverso
Identifica material genético adjacente a uma sequência conhecida
Local de inserção de retrovírus e transposons
Fragmento de restrição (6 - 8nt)
Sequenciamento
Promove autoligação
Alinhamento
Orientação reversa dos primers