Métodos microscópicos – incluem a contagem de células presentes na cultura ou numa amostra através do microscópio ou da citometria de fluxo. Constituem assim uma forma simples e rápida, mas com inúmeras limitações, tais como a necessidade de corar as células ou de utilizar um microscópio de contraste de fase para distinção entre células viáveis e não viáveis, dificuldade em visualizar células pequenas, pouca precisão, dificuldade em visualizar células de culturas com baixa densidade, necessidade de imobilizar células móveis, fragmentos presentes na amostra podem ser confundidos com células.