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PCR CONVENCIONAL - Coggle Diagram
PCR CONVENCIONAL
PCR RAPD
É uma sequencia unica, pequena e arbitraria, de 8 a 10 nucleotídeos, é uma derivação do processo de PCR que envolve a amplificação simultânea de vários locos anônimos do genoma, utilizando um único primer. Utilizado em locais de crime ou teste de paternidade.
PCR RFLP
Consiste na amplificação pela PCR de uma região do DNA que pode ter o polimorfismo, utilizando um par de primers complementares nos sítios específicos amplificando a região-alvo. Depois as cópias desta região-alvo são digeridas por enzimas de restrição que são extraídas de bactérias que vão reconhecem e cortam sítios específicos de 4 a 6 pares de base gerando fragmentos que podem ser separados por tamanho após eletroforese.
PCR AFLP
Técnica utilizada para detectar polimorfismo quando não ha nenhuma informação conhecida sobre o genoma que se quer analisar. Consiste em utilizar uma ou duas enzimas de restrição (uma de corte raro e uma de corte frequente) para clivagem do DNA. Os fragmentos resultantes é ligado a adaptadores com sequências conhecidas. Após é feita a amplificação seletiva dos fragmentos que foram são submetidos a PCR com 2 primers diferentes. Um consiste na sequência do adaptador da enzima de corte raro acrescido de um ou mais nucleotídeos aleatórios na extremidade 3’ e o outro na sequência do adaptador de corte frequente seguida de nucleotídeos arbitrários. O polimorfismo é observado pela presença ou ausência das bandas.
PCR DE COLONIA
É um método para rastrear rapidamente colônias de leveduras ou bactérias que cresceram em meios seletivos após uma etapa de transformação, para verificar se a construção genética desejada está presente ou para amplificar uma parte da construção. Utilizada para verificar a orientação do inserto
PCR MULTIPLEX
Técnica que envolve amplificações simultâneas na mesma reação para detectar deleções homozigóticas ou homozigóticas porque a sequência deletada não é amplificada pela PCR. É gerado fragmentos de vários tamanhos que são visualizados na eletroforese. É utilizada para o diagnostico de doenças infecciosas de diferentes cepas e doenças ocasionadas por deleções ou inserções de diferentes sequencias de um gene.
PCR Touch Down
É usado um programa de ciclo com temperaturas de recozimento variáveis. É um método útil para aumentar a especificidade da PCR. A temperatura de recozimento no ciclo inicial deve ser 5–10 ° C acima da Tm dos primers. Nos proximos ciclos, a temperatura de recozimento é diminuída em etapas de 1–2 ° C por ciclo até atingir uma temperatura que seja igual ou 2–5 ° C abaixo da Tm dos primers. O Touchdown PCR aumenta a especificidade da formação do duplex do modelo inicial e, portanto, a especificidade do produto final da PCR.
PCR ALELO ESPECIFICO
É uma técnica que vai amplificar seletivamente um dos alelos que terá no locus de um gene. Também chamada de PCR baseada no sistema ARMS (sistema de mutação refractário à amplificação) que depende do emparelhamento perfeito das bases dos nucleotídeos da extremidade 3’ dos primers, permitindo a distinção entre alelos que diferem num único nucleótido, isto é, a detecção de mutações pontuais específicas associadas a doenças. São adicionados também primers de controle que amplificam sequências não relacionadas para testar a reação de amplificação. Muito utilizado em genética forense e pesquisas
PCR in situ
É uma técnica que permite a localização de DNA dentro das células podendo estar nas células ou em preparados citológicos. Baseia-se no pareamento complementar de sondas especificamente projetadas para detectar um tipo viral específico. A detecção indireta é quando as sondas que são previamente marcadas com alguma substância ou material radioativo quando necessário e a detecção direta é quando os nucleotideos é que são marcados.
PCR Hot Start
O Hot Start PCR é uma modificação simples do processo de PCR original no qual a reação de amplificação é iniciada em uma temperatura elevada. Utilizada para reduzir amplificações não específicas.
PCR ASSIMETRICO
Amplifica preferencialmente mais uma fita do DNA do que a outra. Usada em alguns tipos de sondagens sequenciamento e hibridização onde é necessário ter somente uma das duas fitas complementares
PCR NESTED
O princípio é o mesmo da PCR convencional, a diferença é a origem da amostra que ao invés de se usar uma amostra primária, utiliza-se o produto de uma PCR anterior com um par de primers internos ao par utilizado na primeira reação, aumentando a sensibilidade e especificidade da amplificação nos casos em que as amostras não são muito boas.
PCR inverso
Esta técnica permite a clonagem de sequências de DNA adjacentes a uma sequência conhecida a partir de um molde circularizado.
PCR EM TEMPO REAL
Baseia-se na detecção da fluorescência emitida por uma molécula repórter que aumenta à medida que a reação avança. O aumento da fluorescência ocorre devido ao acúmulo do produto de PCR (fragmento alvo) a cada ciclo de amplificação o que facilita o monitoramento da reação à medida que ela progride
PCR LONG AND ACCURATE
A amplificação LA é alcançada combinando uma polimerase termo-estável com uma segunda polimerase exibindo uma atividade de exonuclease 3 '-> 5'. A atividade de exonuclease repara as incorporações terminais incorretas. Este reparo permite maiores comprimentos de leitura e maior fidelidade.
PCR SSLP
Técnica utilizada para detectar outros polimorfismo de comprimento de sequencia simples, são repetições de 1 a 6 nucleotídeos que podem ser classificados de acordo com o seu tamanho e o tipo de unidade de repetição