Tras su renuncia a la primera magistratura, huyó vía terrestre a Guatemala, donde fue recibido por su hermano Guadalupe,30 luego se movió hacia Estados Unidos,46para finalmente trasladarse a Honduras. Ahí fue asesinado por Cipriano Morales, su motorista, quien le asestó 17 puñaladas. El asesinato se perpetró en el comedor de su residencia en Honduras, el 15 de mayo de 1966.12
Tras la muerte del dictador, se le dio su nombre a una brigada de exterminio anticomunista, que funcionó como escuadrón de la muerte.47 Con su mandato, se iniciaron más de cinco décadas de gobiernos militares que desembocarían, entre otras cosas, en una guerra civil.
