O refluxo secundário ocorre como conseqüência de outras doenças, tais como estreitamento congênito do esôfago, comunicação entre a traquéia e o esôfago, distúrbios da deglutição, alergia ao leite de vaca, infecção urinária, parasitoses intestinais (vermes), fibrose cística, doenças neurológicas entre outras que são responsáveis pelo retorno do conteúdo gástrico ao esôfago.