Costos de implementación ocultos para perfeccionar el sistema y adaptarlo a las necesidades de los usuarios: compra de plugins, temas, etc
Recursos del servidor: Algunos CMS (por ejemplo, Joomla!) pueden devorar los recursos del servidor y provocar una caída del servicio
Algunas debilidades técnicas: Si los usuarios tienen aversión a aprender los conceptos básicos de usar un CMS, su uso no será tan eficiente. Esto significa que podría ser necesario contratar personal experimentado o ayuda técnica
Mantenimiento: En manos equivocadas, un CMS no actualizado puede hacer mucho daño a un sitio web y conducir a graves vulnerabilidades de seguridad
Soporte técnico: para algunas plataformas mantenidas por la comunidad, el soporte directo puede ser difícil de encontrar, y hay que confiar en los foros de usuarios y en la documentación existente