Mientras tanto, en Ginebra la situación había empeorado. Algunos temían el regreso al catolicismo o el paso a un protestantismo radical, salvaje. Finalmente en 1541 el concejo de la ciudad, pidió a Calvino que regresara. Feliz en Estrasburgo, Calvino no deseaba, por nada en el mundo, el regreso a Ginebra. Dijo: "Preferiría cien otras muertes antes que aquella cruz, sobre la cual tendría que morir mil veces en el día". Pero, finalmente, Farel lo persuadió a que regresara,
y Calvino permaneció hasta su muerte en 1564 en Ginebra.
