Please enable JavaScript.

Coggle requires JavaScript to display documents.

Enzim, Kelompok 9, Biokimia 02 - Coggle Diagram

- - - - Menandai protein eukariotik dengan GST dapat meningkatkan kelarutan protein fusi ketika diekspresikan dalam bakteri sehingga dapat diekspresikan pada tingkat tinggi pada bakteri tetapi ia dapat membentuk badan inklusi karena agregasi protein.
      - Tag afinitas yang digunakan untuk protein yang diekspresikan dalam E. coli untuk memurnikan protein yang ditandai dari lisat bakteri, tetapi kurang berguna untuk isolasi protein dari sel eukariotik karena persaingannya dengan protein lain.
      - Dapat ditambahkan ke terminal N atau C dari protein yang diinginkan.
    - - Dasarnya adalah ikatan kovalen antara protein HaloTag® dan ligannya. Karena kekuatan ikatan kovalen, maka protein dapat dicuci di bawah kondisi yang ketat untuk menghilangkan latar belakang protein yang tidak spesifik.
      - Kegunaan
        
        Dapat membuat protein rekombinan lebih larut dan bahkan meningkatkan ekspresi pada bakteri sehingga interaksi protein dapat lebih mudah dipahami.
    - - Sebuah serangkaian asam amino dalam protein yang biasanya terdiri dari setidaknya 6 ataupun 9 histidin (His) residu, yang mana seringkali terdapat pada N- atau C-terminus protein.
      - Memiliki nama lain His-tag (salah satu tag yang paling sederhana & terkecil)
      - Kegunaan
        
        Dapat mengikat ion logam seperti Ni2+, Zn2+ dan Cu2+ sehingga berguna untuk memurnikan/melumpuhkan protein fusi.
    - - Digunakan untuk melacak protein yang ditandai dalam sel dan untuk menghilangkan kebutuhan akan antibodi.
    - - Sangat bagus untuk menandai protein dan dapat menawarkan efisiensi pengeditan yang tinggi.
    - - Menyediakan tag fusi protein yang sensitif dan mudah diukur. Namun, enzim reporter tidak memerlukan mitra pelengkap, menyederhanakan penggunaannya dalam beberapa aplikasi.
- - - - Walaupun begitu, modifikasi dari struktur proteinnya seringkali terjadi mutasi sehingga
      - Karena ini, enzim rekombinan merupakan metode yang cocok untuk enzim sebagai produk komersil
        
        Contoh produk komersil adalah untuk aplikasi makanan, industri tekstil, kertas, bioteknologi, dan industri kimia
  - - - Walaupun begitu, enzim rekombinan dapat ditemukan di berbagai bakteri yang sering dijumpa seperti E. Coli
        
        Bakteri yang proteinnya diambil bisa dari seperti enzim dari suatu habitat tertentu seperti dari hot spring, yaitu bakteri sulfolobus tokodaii
  - - - Sebelum diambil struktur enzimnya, strain bakteria tersebut mengalami incubation dan centrifugation untuk menghilangi impurities. Setelah proses purifikasi selesai, enzim atau protein murni tersebut dapat diekstrak
        
        Alat yang digunakan untuk ekstraksi enzim rekombinan dari bakteri merupakan spektroskopi, UV-VIS
      - Walaupun telah diekstrak dan dikeluarkan dari bakterianya, produk ini masih memiliki karakteristik enzim dari bakteri thermophilic
- - - - Merupakan teknik pemisahakan molekul--molekul ion polar yang didasarkan pada perbedaan muatan, yaitu antara molekul bermuatan di dalam larutan dengan senyawa yang tidak reaktif yang muatannya berlawanan sebagai pengisi kolom.
    - - Merupakan metoda pemurnian protein dengan prinsip kromatografi
  - - - Membagi aktivitas enzim (U/mL) dengan kadar protein total (mg/mL).
    - - Semakin tinggi aktivitas spesifik suatu enzim, semakin tinggi pula kemurnian enzim tersebut.
    - - Konsentrasi enzim
        
        Jika konsentrasi enzim besar, maka reaksi akan lebih cepat.
      - Konsentrasi substrat
        
        Jika terjadi pertambahan konsentrasi substrat, kecepatan reaksi akan meningkat.
        
        Tapi, pada batas konsentrasi tertentu, tidak terjadi kenaikan kecepatan walaupun konsentrasi substrat diperbesar (Poedjiadi, 1994).
      - Suhu
        
        Pada suhu rendah, reaksi berlangsung lambat. Sedangkan pada suhu yang lebih tinggi, reaksi berlangsung lebih cepat
        
        Kenaikan suhu menyebabkan terjadinya proses denaturasi, maka bagian aktif enzim akan tergganggu sehingga konsentrasi efektivitas enzim berkurang dan kecepatan reaksinya pun menurun.
        
        Kenaikan suhu sebelum terjadinya proses denaturasi dapat menaikkan kecepatan reaksi.
      - pH
        
        pH yang rendah atau tinggi dapat menyebabkan proses denaturasi dan smengakibatnya turunnya enzim (Poedjiadi, 1994).
- - - - dapat tumbuh pada suhu 0 °C, dengan pertumbuhan optimal yang terjadi pada suhu 15 °C atau dibawahnya
  - - - pertumbuhan mencapai optimal pada
        suhu sekitar 20-45 °C
  - - - bertahan dan berkembang pada temperatur rentan 40-80 °Cdengan pertumbuhan optimal pada kisaran suhu 50-65 °C. termofilik memiliki berbagai aplikasi seperti produksi polimerase DNA tahan panas yang digunakan dalam PCR
- - - - Magnetic Purification dari Polyhistidine- atau HQ-tagged Proteins dari E. coli or Mammalian Cell Lysates
        
        BFD
        
        Alat yang digunakan
        
        Platform shaker, platform rocker, rotary platform atau rotator
        
        Magnetic Separation Stand
      - Nonmagnetic Resins
        
        BFD
        
        Alat yang digunakan
        
        rotor
        
        tabletop centrifuge
        
        1.5ml microcentrifuge tubes
        
        wide-bore pipette tips
      - Magnetic Bids
        
        BFD
        
        Alat yang digunakan
        
        magnetic separation stand
        
        shaker
        
        37°C incubator for flasks/tubes