O RGE secundário associa-se a condições específicas como estenose congênita do esôfago fístula traqueo-esofágica, atresia de esôfago, distúrbios da deglutição, estenose hipertrófica do piloro, úlcera gástrica ou duodenal, pâncreas anular, pseudo-obstrução intestinal, alergia alimentar (proteína do leite de vaca)