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Herramientas moleculares, FF - Coggle Diagram
Herramientas moleculares
Análisis bioinformático y amplificación pre-NGS de ADN y ARN viral
Extracción y tratamiento del material genético
kit TURBO libre de ADN (Ambion)
Para eliminar el ADN viral libre y el ADN no viral
Permite la formación de bibliotecas
ARN Viral Mini Kit (Qiagen),
Para extraer los ácidos nucleicos de origen viral
Síntesis del material genético
kit Sequenase versión 2.o
Para la síntesis de la segunda cadena de ADNc
SuperScriptIII
Para la retrotranscripción de los ADN.
Amplificación del material genético
PCR
La reacción en cadena de la polimerasa
AmpliTaq Gold Master Mix
Para obtener suficiente dsDNA para la preparación de la biblioteca
Fluorómetro Qubit 2.0 (Life Technologies)
Cuantificación de muestras de ADN amplificadas
Preparación de muestras
Illumina Miseq
Secuenciado de muestra con extremos emparejados.
ADN Nextera XT (Illumina Inc.)
Construcción de las bibliotecas
Evaluación de calidad de muestras
Trimmomatic versión 0.32
Para limpiar secuencias
Software FASTX-Toolkit
Evalúa la calidad de las secuencias limpias obtenidas sin procesar
DNA Clean & Concentrator Kit (investigación de Zymo)
Para limpiar y concentrar en volúmenes más
pequeños los productos de la PCR
NGS poblaciones bacterianas
kit DNeasy PowerSoil (Qiagen)
Extracción de ADN de los concentrados SMF
Preparación de muestras
Illumina Miseq
Secuenciación de las muestras
Kit Nextera XT (Illumina Inc.)
Kit de preparación de muestras de ADN, Para formar bibliotecas de
extremos emparejados
Análisis de lecturas
QIIME 1.9.1
Recorte de las lecturas finales
Software FLASH
Fusión de las lecturas limpias
NGS poblaciones de protozoos
Preparación para extracción de ADN
FastPrep
®- 24 instrumentos (MP Biomedicals)
Se lisó un volumen de cada concentrado de SMF
FastDNA ® SPIN Kit
(MP Biomedicals)
Extracción de ADN
kit de eliminación de inhibidores de PCR OneStep ™
(Zymo Research)
Mezcla y purificación de las muestras duplicadas
Preparación de muestras
Illumina Miseq
Secuenciación de las muestras
Kit Nextera XT (Illumina Inc.)
Para formar bibliotecas de
amplicones de ADN
Análisis de lecturas
QIIME 1.9.1
Recorte de las lecturas finales
FF