A encefalomielite equina é uma doença viral causada por um vírus do gênero Alphavirus, que se transmite entre aves e roedores silvestres, através da picada de mosquitos do gênero Culex, Aedes, Anopheles ou Culiseta. Embora os equinos e humanos sejam hospedeiros acidentais, em alguns casos podem ser infetados pelo vírus.
As encefalites equinas são doenças zoonóticas, em que a infecção pode ser causada por três espécies de vírus diferentes, o vírus da encefalite equina do leste, vírus da encefalite equina do oeste, e vírus da encefalite equina venezuelana.