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Métodos moleculares para caracterização da diversidade microbiana,…
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Amplificação do gene RNA seguida de digestão com enzimas de restrição e separação dos fragmentos do gel de argarose
Cada espécie vai ter padrões de fragmentação para uma enzima
Permite diferenciação genética ao nível de linhagem
Parecido com o ARDRA
Uso de apenas um primer arbitrário
Anelamento ocorre em várias regiões do genoma
Repetibilidade questionável
Também mostra perfil em bandas
Baseia na identificação de regiões repetidas no genoma de bactérias
Possui melhor repetibilidade
Usado para em qualquer espécie microbiana
Consegue diferenciar espécies
Não precisa fazer o cultivo microbiano
Analisa todos microrganismos presentes na amostra
Análise direta
Permite o monitoramento dos microrganismos
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Pode gerar diferenciação a nível de espécie
Identifica perfil da comunidade total
Não é um método quantitativo
Não adequado para estudo da diversidade microbiana
Tem viés da PCR
Possui algumas vantagens em relação a DGGE
Resultados em eletroferograma
É rápido e semiquantitativo
Pode identificar em nível de espécie
Permite analisar a diversidade
Viés na PCR
Considerado um método caro, foi em parte substituído pela metagenômica
Ainda usado para análise de genes funcionais
Clona diferentes fragmentos da PCR, transferido para E. Coli e então analisados
Trabalha com pedaço de nucleotídeo específico
Semiquantitativo
Permite observação espacial dos microrganismos no ambiente por microscopia
Sequenciamento de genes alvos amplificados a partir do DNA total da comunidade microbiana
Têm acesso profundo da diversidade microbiana
Usa o PCR
Sequenciamento do DNA total da comunidade microbiana
Se têm a composição funcional da microbiota, além da identificação dos indivíduos ali presente
Não usa PCR