การผลิตแอลกอฮอล์โดยใช้วัตถุดิบจากธรรมชาติ ทางชีวเคมี หรือเรียกอีกอย่างว่าการผลิตไบโอเอทานอล (Bio Ethanol) เป็นการผลิตโดยใช้วัตถุดิบจากทางการเกษตรจาพวกน้ำตาล แป้ง เซลลูโลส สามารถแบ่งวัตถุดิบได้ 3 ประเภท ดังนี้
- วัตถุดิบประเภทแป้ง ได้แก่ ธัญพืช ข้าวเจ้า ข้าวสาลี ข้าวโพด
- วัตถุดิบประเภทน้ำตาล ได้แก่ อ้อย กากน้ำตาล บีตรูต ข้าวฟ่าง หวาน
- วัตถุดิบประเภทเส้นใย ส่วนใหญ่เป็นผลพลอยได้จากผลผลิตทางการเกษตร เช่น ฟางข้าว ชานอ้อย ซังข้าวโพด ราข้าว