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RNA - Coggle Diagram
RNA
tipi
tRNA
struttura a trifoglio
braccio variabile
estremità 3' a singola elica
viene aggiunta in seguito alla trascrizione
tripletta CCA
nei batteri è presente nel gene
negli eucarioti viene aggiunta successivamente alla trascrizione
aggiunta da una tRNA nucleotidiltransferasi
RNAsi
RNAsiP
porzione di RNA e una porzione di proteina
ribonucleoproteina
tRNAsi o zRNAsi
serve a tagliare il 3'
modificazioni
modificazioni del corpo centrale
modulano la struttura secondaria e terziaria e la sua stabilità
l'assenza può attivare vie degradative
fondamentali per determinare l'identità e la specificità del tRNA
modificazioni dell'ansa dell'anticodone
regolano l'efficienza della traduzione e la crescita delle cellule
contiene la dididrouridina
braccio sinistro
si chiama D loop
pseudouridina
braccio di destra
loop variabile
varia da 3 a 21 paia di basi
inosina
la base è l'ipoxantina
deriva dall'ossidazione dell'adenina
si trova nell'anticodone
miRNA
interviene nella traduzione
processo di small interfering RNA
degrada l'mRNA target
nucleo della cellula
generati da molecole più lunghe grazie a due nucleasi
Drosha e Pasha
nucleo
Dicer
citoplasma
si uniscono ad un complesso RISC per degradare
contiene Ago2
piccoli RNA da 21-23 nucleotidi
miTRONS
risiedono negli introni
malattie
leucemia linfocitica
miR16-1
miR15a
delezione del cromosoma 13
oncomiRNA
miRNA2
miRNA155
miR-17-92
miRNA-125b
miRNA34a
tumor supressor miRNA
ncRNA
scoperto negli ultimi 10-15 anni
RNA con più di 200 nucleotidi
controllo di trascrizione, traduzione e splicing
RNA che controllano altri RNA
tutti non codificanti
long non coding RNA
Xist RNA
va a reclutare PRC2
metila la lisina 27 dell'istone H3
lungo almeno 200 nucleotidi
funzioni
punto di aggregazione delle proteine
rimodellamento della cromatina
sequestrare e bloccare i microRNA
modula la splicing
funzione di trappola
Tsix
IncRNA
alcuni sono coinvolti nei tumori
HOTAIR
azione repressiva
upregolato in alcuni tipi di tumori
tumore rettale, leucemia, tumore al seno
richiama il complesso PRC2
MALAT-1
tumore al polmone
si trova negli speckles
NEAT-1
si trova nei paraspeckles
siRNA
interviene nella traduzione
azione di small interfering RNA
può essere introdotto dall'esterno
circularRNA
derivano da un processo di back-splicing
circolarizzano una parte di gene contenente due esoni e un introne
25000 diversi nell'uomo
xist
fa parte dei long non coding RNA
coinvolto nel cromosoma X inattivo
piRNA
degradazione dei messaggeri
nelle cellule germinali
in particolare spermatozoi
mRNA eucariotici
la maturazione avviene nel nucleo a partire da hnRNA
reazioni di maturazione
splicing
rimozione di introni
tutti gli introni iniziano con GU e fiiniscono con AG
mediamente un gene è lungo 27 kb e ha 9 esoni e 8 introni
cotrascrizionale
enzimi reclutati dalla CTD
spliceosoma
U4
U5
U2
U6
U1
riconosce il branch point e un tratto polipiridinico verso il 3'
proteine costituite da 100-300 nucleotidi
proteine ricche di U
dinamico
cambia nelle varie fasi di splicing
al 5' c'è lo splice site
sequenza di GU
splicing alternativo
exonic splicing silencers
introni splicing enhancers
introni splicing silencers
hnRNP
proteine che sfavoriscono lo splicing
ribonucleoproteine
agiscono come repressore
malattie
atrofia muscolare spinale
la proteina coinvolta è SMN1
distrofia muscolare di Duchenne
la proteina coinvolta è la distrofina
demenza frontotemporale
coinvolge il gene MAPT
mutazione dell'esone 10
fibrosi cistica
mutazione nel gene di un canale di membrana
editing
disregolazione
patologie di carattere neurologico
canale ionico AMPA glutammato dipendente
gestisce la permeabilità del calcio
una mutazione sostituisce una A con una I
deaminazione che causa l'ADAR
recettore per la serotonina 2C
appaiamento particolare tra esone e introne
genera un substrato riconosciuto dall'ADAR
effettua la deaminazione delle A con conversione in I
editing insernazionale dei mitocondri
non nell'uomo
coda poliA al 3' del trascritto
segnale specifico AAUAAA
200-250 adenine
proteine
CstF
cleavage stimulation factor
si lega ad una regione ricca di GU
CPSF
cleavage and polyadenylation factor
si lega al sito di poliadenilazione
CFI
fanno il taglio
CFII
fanno il taglio
PAP
poliA polimerasi
RNA polimerasi
sintetizza 200-250 adenine
non dipende dallo stampo
stesse funzioni del cap
capping
5'-5'
7-metilguanosina
aggiunto quando il trascritto ha raggiunto 20-40 basi
cotrascrizionale
la coda CTD fosforilata da TFIIH richiama le proteine
funzioni
aumentare l'efficienza della traduzione
facilitare il trasporto dal nucleo al citoplasma
proteggere l'mRNA dalla degradazione
aumenta l'efficienza di splicing
TERC
si trova nelle telomerasi
snoRNA
primi ad essere scoperti tra i piccoli RNA
rasiRNA
ruolo nel silenziamento genico
strutture particolari
bulges
internal loops
hairpins
uno stelo con accoppiamento di basi che termina con una regione non omologa
pseudoknot
appaiamento di basi non contigue
basi
modificate
inosina
pseudoiridina
7-metil-guanosina
tiureidina
tRNA
purine
adenina
guanina
pirimidine
citosina
uracile
esperimenti
Griffith
1928
ceppi R e S
Avery
1944
DNA principio trasformante
Hershey e Chase
batteriofago t2
fosforo 32
1952