Después del atentado el ejército organizó la persecución del asesino. Powell fue arrestado el 17 de abril de 1865 y Atzerodt, el 20 de abril. Booth y David Herold, después de haber huido del lugar de los crímenes, se reencontraron en Maryland y consiguieron escapar a sus persecutores hasta el 26 de abril. Rodeados por el ejército, Herold se rindió, pero Booth se negó a hacerlo y fue abatido. También arrestaron a varios sospechosos. Finalmente, un tribunal militar procesó a siete hombres y una mujer, Mary Surratt, a partir del 9 de mayo de 1865. El 30 de junio, el tribunal los encontró culpables a todos y sentenció a cuatro de ellos a la pena de muerte. A pesar de las irregularidades del juicio, el Secretario de la Guerra Edwin M. Stanton no atendió las peticiones de clemencia y fueron ejecutados en la horca el 7 de julio de 1865.
