En el mismo año 2006, con el asesinato el líder Abu Musab al Zarqawi, cambió el rumbo de la organización. En octubre de ese mismo año, con un nuevo líder, el grupo se estableció por primera vez con la mención de un Estado Islámico, donde se autodenomina Estado Islámico de Irak (ISIS), y le da el título de Emir a uno de sus líderes y a otro con más poder político real.