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Secuenciación masiva y bioinformática en microbiología - Coggle Diagram
Secuenciación masiva y bioinformática en microbiología
Amplicón Producto generado por amplificación de ADN en una reacción en PCR usando un par de primers o cebadores.
Amplicon sequencing Secuenciación masiva de productos de PCR previamente amplificados. ANI Average Nucleotide Identity es el método de análisis de la identidad de nucleótidos entre regiones o genomas.
Anotación Asignación de una función a un gen conocido. CDS Coding Sequence es parte del ARNm o secuencia genómica que codifica una secuencia de proteína
Contig Contiguous sequence: secuencia de ADN que procede de dos o más secuencias que se superponen en sus extremos y se pueden juntar en una sola secuencia no redundante.
De novo assembly Ensamblado de un genoma basado únicamente en la información que contienen las reads, sin necesidad de comparación con un genoma de referencia.
Draft genome Borrador del genoma es la versión no cerrada del genoma que cubre entre el 95 y el 9% de aquel, obtenido a partir de la secuenciación de lecturas cortas que se solapan formando contigs.
Ensamblado Proceso por el cual los fragmentos cortos del ADN secuenciados se juntan en fragmentos más grandes hasta reconstruir el genoma.
HTS High Throughput Sequencing es la tecnología de secuenciación masiva que permite obtener gran cantidad de información de forma rápida.
InDel Inserciones y deleciones de pequeno˜ tamano˜ (< 10 pb) que existen en el genoma y pueden usarse como marcadores moleculares para el mapeo de determinados caracteres.
k-mers Subcadenas de caracteres en las que se compone cada secuencia y que son utilizadas por distintos procesos bioinformáticos, como el ensamblado de novo basado en gráficos de Bruijn por SPAdes o la asignación taxonómica de Kraken
Mapping o mapeado Alineamiento de cada read a una posición en el genoma de referencia.
Mate-pair sequencing Tecnología de secuenciación del ADN en ambos sentidos 5´y 3´ a partir de la ligación de fragmentos del ADN biotinilados de 2-5 kb.
MLST Multilocus Sequence Typing es el método de tipado de microorganismos basado en la secuenciación de una serie de genes que se comparan con unos esquemas definidos para cada especie
NGS Next generation sequencing es la tecnología de secuenciación masiva que surgió después de la de Sanger.
Paired-end sequencing Secuenciación de lectura pareada que consiste en la secuenciación de fragmentos del ADN en ambos sentidos 5´y 3´.
Phred score Valor de calidad de cada base secuenciada. Un valor de 30 indica que la precisión de la base secuenciada es del 99,9%.
Pipeline Es una serie de múltiples software que se combinan para llevar a cabo un análisis automático determinado de forma secuencial o en paralelo.
Read Lecturas o secuencia del ADN continua obtenida de un secuenciador.
Sequence coverage Es la cobertura o la parte estimada del genoma que ha sido secuenciada.
Sequence depth Profundidad de cobertura es la media del número de veces que cada base de un genoma secuenciando tiene una read que alinea en esa posición.
Single-end sequencing Secuenciación de lectura simple que consiste en la secuenciación de fragmentos del ADN que son secuenciados solo en una dirección o sentido.
SNP Single Nucleotide Polymorphism: polimorfismo de un único nucleótido que puede interrumpir la función de un gen o bien ser fuente de variación del ADN y usarse como marcador