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Desarrollo de los biomarcadores a partir de la secuenciación masiva,…
Desarrollo de los biomarcadores a partir de la secuenciación masiva
Inicio del siglo XXI
Secuenciación masiva
Tecnologías de secuenciación en paralelo
Secuenciación por ligación
Equipo SOLiD
(2007) por Life Technologies
Secuenciación por síntesis y semiconducción del Ion Torrent
2010 por Life Technologies
Secuenciación por síntesis en clusters
Equipo GAII
(2006) y
MiSeq
(2011) por Solexa-Illumina,
Herramientas
Plataformas
Pipelines de análisis
Prokaryotic Genome
Annotation Pipeline (PGAP)
el National Center for Biotechnology Information (NCBI).
TORMES
Código libre para el análisis de genomas bacterianos, permite ensamblar y anotar el genoma, tipificar, obtener los factores de virulencia y de resistencia.
Agrupan herramientas de software
EnteroBase
Genomas depositados y curados, para analizar y tipificar genomas de enterobacterias.
Generación de una gran cantidad de información, que debe ser manejada con
herramientas bioinformáticas
de diagnóstico y el análisis microbiológico
Ciencias aplicadas como las matemáticas, la estadística y la computación al estudio biológico
Lenguajes de programación
(Bash, Perl, Python y R, entre otros)
Para el uso de los programas más eficientes, que se manejan de la terminal, y se deben interpretan los comandos
Tercera generación de secuenciadores
La secuenciación de molécula única
Equipo MinIONTM
(2014) por Oxford Nanopore Technologies o
PacBio®
(2010) por de Pacific Bioscience
Pirosecuenciación
Finales del siglo XX
Se crea el
primer método
enzimático para secuenciar el ADN
a través de la incorporación de dideoxinucleótidos terminales y
secuenciación de un genoma bacteriófago y bacteriano completo
Pirosecuenciación