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TRASCRIZIONE EUCARIOTICA - Coggle Diagram
TRASCRIZIONE EUCARIOTICA
RNA polimerasi
RNA polimerasi II
sintetizza mRNA e microRNA
12 subunità
le subunità maggiori hanno un dominio di ripetizioni aminoacidiche
treonina, serina e prolina
RNA polimerasi III
sintetizza i piccoli RNA come tRNA, RNA 5S, sn RNA U6 e RNA 7SL
più di 12 subunità
RNA polimerasi I
sintetizza l'RNA ribosomiale
più di 12 subunità
promotore
punto in cui ha inizio la trascrizione
fondamentale per le RNA polimerasi
costituito da 3 regioni
prossimale
distale
core
minima
30-40 paia di basi a monte e a valle
sequenze
sequenza iniziatore
sequenza breve di di 4/5 nucleotidi
TSS
transcription star site
si estende da -50 a + 40
TATAbox
si trova tra -26 e -30
BRE
TFIIB recognition element
sito di legame per TFIIB
DPE
downstream promoter element
sequenza di 4/5 nucleotidi
va da + 24 a +28
CCAAT box
-75
GC box
contengono le CpG islands
promotore distale
a monte del TSS
oltre 200 paia di basi a monte
enhancers
si legano a proteine specifiche
attivatori
aumentano la trascrizione basale di 20/50 volte e anche 100 volte
a monte della TATAbox a distanze tra 100 e 2000 paia di basi
attivano i promotori
legato a proteine forma un enhanceosoma
silencer
lega i repressori
può essere una deacetilasi
condensa la cromatina
si può legare agli enhancer per impedire il legame con l'attivatore
possono metilare gli istoni
richiamo di una metiltransferasi
metila gli istoni in posizione 27 a livello dell'istone H3
isolatore
formano un loop con la cromatina
isola la funzione di enhancer e silencer
si interpone tra enhancer e promotore core
si trova tra silencer e promotore core
proteine
fattori di trascrizione basali
TFIID
fatto da TBP
forma dimerica
formata da un solo polipeptide
interagisce a livello della TATA box
piega il DNA di 80°
ci sono foglietti beta
fino a 50 fattori accessori detti TAF
si lega a livello della TATAbox
TFIIE
recluta TFIIH
TFIIB
si lega a BRE sul DNA
interagisce con la RNA polimerasi II
recluta il complesso TFIIF-Pol II
stabilizza il legame tra Pol II e TFIIB e TBP
TFIIF
TFIIA
stabilizza il legame tra TFIID e DNA
TFIIH
ha un'azione elicasica
serve a fosforilare la CTD della Pol II
12 subunità
2 subunità elicasiche
XP-B e XP-D
domini funzionali
dita di zinco
si vanno a legare contemporaneamente diversi solchi del DNA
attivatori
atomi di zinco intorno a cisteine o istidine
interagisce con la alpha elica di destra
leucine zip
molto lunghe
dimero
fatte da 2 alpha eliche
fatte da 7 aminoacidi
elica giro elica
formato da 3 alpha eliche
la R è quella che interagisce con il solco maggiore
elica loop elica
frammenti di proteine lunghi
dimerizzano
sequenze palindrome
mediatore
coattivatore
fa da ponte tra l'apparato trascrizionale basale e l'attivatore
fatto da 30 subunità
divise
medio
coda
testa
interagisce con l'RNA polimerasi II
fattori di trascrizione
recettore degli ormoni steroidei
nel nucleo
NF-KB
importante per la risposta immunitaria
importante nella produzione di citochine infiammatorie
nel citoplasma in forma inattiva
attivatori
Oct4
c-MyC
Klf4
Sox2
controllo
rilascio più o meno veloce del nucleo
degradazione del messaggero
può essere degradato da micro-RNA e long non coding RNA