Dentre os vários patógenos envolvidos na ocorrência de podridões em cenoura tem-se: Alternaria dauci, Alternaria radicina, Pythium sp., Rhizoctonia solani e Xanthomonas campestris pv. carotae. A podridão de pré-emergência resulta em falhas no estande.
Na podridão de pós-emergência, também chamada de tombamento, as plântulas apresentam um encharcamento na região do hipocótilo rente ao solo, provocando reboleiras de plantas tombadas ou mortas. O controle só é eficiente quando se utilizam sementes de boa qualidade, rotação de cultura, adequada profundidade de plantio e manejo adequado de água.