A segunda fase, denominada de inquérito administrativo, é dividida nas subfases de instrução, defesa e relatório. Na subfase de instrução, a comissão promove a busca de provas necessárias ao esclarecimento da verdade material, dentre aquelas permitidas pelo ordenamento jurídico pátrio, como a documental e a testemunhal, assim como promove a indiciação ou forma sua convicção pela absolvição do acusado. No caso de a comissão entender pela indiciação do servidor, deverá citá-lo, momento a partir do qual se abre prazo legal para apresentação de defesa escrita (segunda subfase do inquérito). A última subfase do inquérito é a produção, pela comissão, de relatório final conclusivo quanto à inocência ou não do indiciado, apresentando, para tanto, as razões e justificativas para o enquadramento, ou não, no ilícito administrativo.