Del total de la población zonal, 48 es urbana y 52 % rural, a diferencia de la tendencia nacional, donde la población es mayoritariamente urbana (63 % urbana y 37 % rural). La mayoría se identifica como mestiza (81 %), seguida por la indígena (11,4 %), la blanca (4,7 %), la afroecuatoriana (1,5 %), la mulata (0,5%), la montubia (0,5%), la negra (0,1%) y por otras etnias (0,2 %). Morona Santiago y, particularmente los cantones Taisha y Huamboya, poseen el mayor número de población indígena (95,9 y 82,9 %, respectivamente). Esta última se auto identifica con las nacionalidades Shuar (51 %), Kañari (22 %), Kichwa de la Sierra (13 %) y otras nacionalidades.
Del análisis de los asentamientos con menos de 10 000 habitantes, se desprende que 54 % de la población se distribuye en áreas concentradas y 46 % en áreas dispersas. En relación con la salud en la zona, en la tabla se muestran las tasas de natalidad, morbilidad y mortalidad a nivel nacional y para la zona 6.