Hal yang harus dilakukan pertama kali saat menggunakan mikrokop adalah meletakkannya di meja pengamatan. Setelah itu, pasang lensa okuler dengan kekuatan pembesaran lemah yakni 5X pembesaran. Kemudian, putar makrometer ke arah belakang agar posisi badan mikroskop condong ke atas. Hal berikutnya yang perlu dilakukan adalah menyejajarkan lensa objektif dengan arah datangnya cahaya. Caranya adalah dengan menggeser lensa objektif tersebut. Selanjutnya, atur pembesaran lensa objektif dengan pembesaran lemah yakni 10X sehingga hasil kali pembesaran lensa okuler dan objektif menghasilkan 50X pembesaran yang diperoleh dari 10×5= 50 kali pembesaran. Langkah selanjutnya adalah mengatur cahaya pada kondensor dan diafragma dengan cara menaikkan kondensor setinggi mungkin serta membuka diafragma selebar mungkin. Kemudian atur medan pandang dengan memutar cermin. Setelah terpasang dengan baik, pasanglah preparat di meja mikroskop.
Setelah meja preparat terpasang dengan baik, letakkan objek yang akan diamati tepat di meja preparat. Amati objek dengan mendekatkan satu mata melalui lubang lensa okuler sambil mengatur fokus cahaya dan kondensornya. Jika objek sudah terlihat jelas dengan pembesaran lemah dari lensa objektif, kita bisa mengatur pembesaran dengan skala yang lebih besar lagi.
Penggunaan mikroskop sebaiknya perlu diperhatikan agar menghindari hal - hal yang tidak diinginkan. Salah satu kesalahan praktikan yang sering dilakukan, yaitu memindahkan lensa obyektif tidak memutar revolver. Selain itu, tidak menggunakan minyak inersi ketika memakai perbesaran lensa obyektif paling besar. Hal tersebut dapat menyebabkan lensa obyektif akan mudah tergores, sehingga hasil pengamatan obyek tidak terlihat dengan baik dan jelas. Dengan demikian, perlu dilakukan kehati - hatian dalam menggunakan alat ilmiah ini.]
Penyimpanan mikroskop juga perlu diperhatikan, terutama tempat penyimpanan sebaiknya disimpan pada almari khusus yang dilengkapi dengan lampu. Tujuannya yaitu agar ruangan tersebut tidak mudah lembab, sehingga terhindar dari timbulnya jamur yang bisa membuat lensa buram atau bagian lain pada mikroskop cepat rusak.