ลำไส้เล็กส่วนต้นนั้นเป็นส่วนบนสุดของลำไส้เล็กซึ่งเชื่อมต่อกระเพาะอาหารกับลำไส้เล็กของทารกในครรภ์ ช่องเปิดนี้ช่วยให้อาหารและของเหลวไหลผ่านทางเดินอาหารของทารกในครรภ์ เมื่อลำไส้เล็กส่วนต้นท่อถูกปิดกั้นโดยเยื่อเมือกที่ผิดปกติหรือขาด ทำให้ร่างกายของทารกไม่สามารถย่อยอาหารดูดซับสารอาหารได้อย่างเหมาะสม

เป็นผลมาจากปัจจัยทางพันธุกรรมที่พ่อแม่ไม่สามารถควบคุมได้ หากหากทั้งพ่อและแม่มีลักษณะเดียวกันของยีนด้อยที่มีข้อบกพร่องเหมือนกัน ซึ่งสามารถถ่ายทอดมาสู่ทารกในครรภ์

อาจเกิดจากความบกพร่องของหลอดเลือดในตัวอ่อน ซึ่งส่งผลให้ปริมาณเลือดในลำไส้เล็กส่วนต้นลดลงทำให้ลำไส้เล็กส่วนต้นขาด