Como por exemplo, quando começamos a trazer as sementes das coisas que mais comíamos para perto de nossas civilizações, estávamos escolhendo as plantas que não davam indigestão, e por causa disso, elas ficaram menos tóxicas. (Exceto em casos onde a toxicidade é importante, como a Mandioca Brava, que devido a alta toxicidade, é resistente a solo ruim e pragas.)
Ainda também, quando começamos a descobrir que sementes dão origem a outras plantas, a agricultura humana começou a selecionar plantas com facilidade de colheita e germinação, e que também podiam ser colhidas todas de uma vez.
Outra mudança interessante, é de que em muitas plantas selvagens, seu fruto (que contém as sementes) precisam cair do pé para que ela possa germinar, mas nós selecionamos aquelas que possuem frutos que permanecem no pé até serem colhidas, e com o passar do tempo, essas plantas começaram a depender do nosso manejo para sobreviver.
Parte dessas mutações estão relacionados a genética da planta, em alguns casos, como nos genes que controlam o tamanho do tomate, essas mutações estão presentes na população selvagem, mas isoladas, e o que fazemos é cruza-las, assim juntando as mutações.