En diciembre de 1988 el nuevo mandatario priísta, Carlos Salinas de Gortari, también economista de formación, le nombró secretario, es decir ministro, de Programación y Presupuesto en sustitución de quién hasta ahora había sido su superior, Pedro Aspe Armella
Después de que Colosio fuera asesinado el 23 de marzo de 1994, seis días después se decantó por Zedillo como el nuevo postulante del oficialismo.