Después de su enfrentamiento con los indígenas de la zona, Almagro intentó encontrar a Pizarro en el río en el río San Juan, en los manglares de Colombia. Al no encontrarlo puso rumbo a las islas Perlas, donde se enteró de que su socio se había marchado a Chochama.
Finalmente, los dos conquistadores se reunieron en esa localidad. Según los historiadores, ambos prometieron volver a preparar una nueva expedición para conseguir su objetivo. Después, regresaron a su base en la capital panameña.