Después de la conquista militar se institucionalizo el poder colonial pasando al mandato directo. Las ciudades hispánicas se fundaron desde el inicio Quito en 1534, Portoviejo y Guayaquil en 1535, Loja en 1548, Zaruma y Zamora en 1550, Cuenca en 1557, Riobamba en 1575, etc.
En estas ciudades se estableció un cabildo representante de los intereses dominantes locales que cumplían un papel en el régimen colonial.
Se nombro un obispo para Quito y la diócesis fue creada en 1545 con jurisdicción en lo que hoy es Ecuador, Sur de Colombia y Norte de Perú. La administración legal y política adquirió organización definitiva en 1563 cuando se crea la Real Audiencia de Quito.
A finales del siglo XVI en Quito se dio un conflicto entre el presidente de la Audiencia y el Cabildo. En 1592 y1593 se da la rebelión de las Alcabalas contra la aplicación del impuesto que afectaba el comercio local.