Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
PCR (Polymerase Chain Reaction), Kelompok 3:, AMPLIFIKASI DNA DENGAN PCR -…
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Manfaat Aplikasi PCR
Identifikasi Penyakit Genetik
Infeksi Oleh Virus
Diagnosis dini penyakit seperti AIDS
Food & Agriculture
Forensic Science
Phylogenetics
Enviromental Microbiology
Tahapan
Inisiasi - Priming ( Penempelan RNA primer)
Pemanjangan untaian DNA
Denaturasi (pemisahan) untaian DNA template
Ligasi fragmen DNA
Terminasi
Keunggulan
Otomatis, akurat, dan spesifik
Total volume rendah
Relatif cepat
Sensitif
Siklus PCR
Primer Annealing (55°C, waktu 1-2 menit)
DNA Polymerase Extension (70-72°C- waktu 30 detik - 2 menit)
Denaturasi (92-95°C - waktu 1-2 menit)
Kelemahan
Proses amplifikasi memerlukan urutan (sequence) DNA
Perlu skill khusus untuk operator dan kemampuan analisis data
Kualitas dan kemurnian DNA sangat berpengaruh terhadap hasil PCR
Komponen PCR
Taq DNA Polymerase
PCR Buffer dan Konsentrasi Mg2+
Primers
Nucleotides (dNTPs)
Template DNA
PCR Thermal Cycler
Jenis PCR
Allele-spesific PCR
Nested PCR
Alu PCR
In situ PCR
Multiplex PCR
Touch down (TD) PCR
Reserve Transcriptase real time PCR
Nanoparticle -- assisted PCR
Reserve trancriptase PCR
Digital PCR
Real- time PCR
Definisi
Proses sintesis enzimatis untuk melipatgandakan (mengamplifikasi) nukleotida (DNA/RNA) secara eksponensial dengan teknik in vitro
Untuk Mengamplifikasi Segmen DNA Menggunakan PCR
siklus denaturasi dan sintesis DNA baru diulang sebanyak 30-40 kali, menghasilkan lebih dari satu miliar salinan persis dari segmen DNA
Langkah extension/ pemanjangan digunakan enzim yang disebut "Taq polimerase" dengan suhu aktivitasnya 70-72° C. Pada tahap ini DNA polimerase mensintesis- membangun dua untai DNA baru, menggunakan untai asli sebagai cetakan. Proses ini menghasilkan duplikasi DNA asli, dengan masing- masing molekul baru mengandung satu untai DNA lama dan satu untai DNA baru.
sampel terlebih dahulu dipanaskan 92-95° C selama 1-2 menit sehingga DNA terdenaturasi, atau terpisah menjadi dua bagian DNA untai tunggal yang diperlukan untuk replikasi oleh DNA polimerase termostabil.
Suhu reaksi diturunkan menjadi 55° C selama 1-2 menit memungkinkan anil primer ke template DNA beruntai tunggal
Sampel disimpan dalam lemari pendingin -20°C sebelum digunakan
https://www.youtube.com/watch?v=iQsu3Kz9NYo
https://youtu.be/6lVmscLpM3E
Link Gambar Proses PCR
Visulisasi Hasil PCR Dengan Elektroforesis
Elektroforesis : Suatu teknik yang digunakan untuk pemisahan, identifikasi,purifikasi molekul biologis seperti DNA, RNA, dan Protein yang prinsip kerjanya memisahkan molekul-molekul yang bermuatan pada suatu medium gel yang dialiri medan listrik berdasarkan ukuran berat molekul dan muatan listriknya
Alat
Microwave
Elektroforesis
Uv Transiluminator
BioDoc Analyze Biometra
Bahan
Agarosa
2.Buffer TAE 1X
Sampel hasil PCR atau PCR-RAPD
Ethidium Bromide
Cara Kerja
Pembuatan gel agarosa dengan menimbang gel agarosa + buffer TAE 1x dipanaskan dengan microwave
Pemanasan diselingi pengocokan hingga didapatkan larutan gel yang jernih, didiamkan sampai agak hangat
Tuang larutan pada cetakan dan biarkan hingga dingin
Setelah gel dingin (mengeras), sisir dilepaskan dari gel, kemudian gel dimasukkan ke dalam cetakan
Gel dituangi dengan TAE 1x hingga semua well terendam
Sampel hasil PCR dan marker diinjeksikan pada well
Hubungkan kabel alat dengan sumber listrik
Gel hasil elektroforesis diwarnai dengan direndam pada larutan ethidium bromide selama 20-30 menit
Gel yang telah diwarnai dicuci dengan direndam air selama 20 menit
Apabila proses elektroforesis sudah cukup, tekan tombol off pada alat
https://youtu.be/GUXKQBknYQo
Kelompok 3
:
Januar Yohan - 110120046
Cinta Nafisa Aulia Rahman - 110120247
Rischa Juana Takia Koteng - 110120359
KP A
AMPLIFIKASI DNA DENGAN PCR
