Bakteri
Streptococcus (aerob, anaerob, dan mikroaerophili) yang ditemukan hingga pada 70% kasus. Organisme ini termasuk grup Streptococcus anginosus (milerri), yang merupakan flora normal di rongga mulut, appendix, dan traktur genitalia wanita. Staphilococcus aureus ditemukan pada 10% sampai 20% kasus, umumnya ditemukan pada penderita dengan cedera kranial atau endokarditis infektif
Jamur
Toxoplasma gondii, Nocardia asteroids, Candida albicans, Listeria monocytogenes, Mycobacterium, Aspergillus fumigatus. Jamur lainnya yang telah dilaporkan menjadi penyebab abses otak adalah Cryptococcus neoformans dan mikosis endemik (Coccidioides spp., Histoplasma spp., dan Blastomyces dermatitis)
Parasit
Trypanosoma cruzi, Taenia solium, Entamoeba histolytica, Schistosoma spp., Microsporidia spp., dan Paragonimus spp. Protozoa penyebab infeksi otak yang terpenting adalah Toxoplasma gondii yang bisa terlihat terutama pada penderita HIV
