Pueden presentar virus, bacterias y hongos patógenos, gran parte de ellos son eliminados durante el compostaje. la eliminación de patógenos durante el compostaje se debe a las interacciones microbianas: altas temperaturas, actividad lítica, producción de compuestos antimicrobianos, producción de antibióticos, colonización de compostas y la perdida natural de la viabilidad del patógeno.