ISOLASI DNA

Alur kerja genomik

Tujuan Isolasi DNA

Bahan dan Alat

Sumber Isolasi DNA

Isolasi DNA seringkali merupakan langkah pertama sebelum analisis lebih lanjut seperti :

Isolasi DNA

Amplifikasi DNA (PCR)

DNA profilling

Sampel

Elektroforesis hasil PCR

Cloning

Precipitate

Analisis Data

Purification

Lysis

Diagnosa penyakit

DNA sequencing

Genetically Modified Organisms (GMO) - agriculture, pharmaceutical

Environmental testing

Biodefense

Halal Analysis

Kimiawi

Enzimatis

Mekanik

Dilakukan dengan menggunakan mortir atau stamper, serta penambahan nitrogen cair

Dilakukan dengan menggunakan senyawa yang akan menyebabkan dinding / membran sel lisis, contoh SDS / CTAB

Dilakukan dengan menggunakan enzim yang akan menyebabkan lysis protein seluler, contoh proteinase K

Sel DNA hewan

Sel DNA tumbuhan

Sel DNA manusia

click to edit

Bahan

Alat

Water Free Nuclease

Satu set pereaksi dalam kit "NucleoSpin Plant II (Machery-Nagel)" yang terdiri dari lysis buffer PL1, binding buffer PC, washing buffer PW1 dan PW2, dan elution buffer PE (5mM Tris.HCL, pH 6,5)

Presipitasi protein

Agarose

Liquid nitrogen

Marker BenchTop 100 bp DNA Ladder

Sampel

Buffer TAE

Presipitasi DNA

Bertujuan untuk menghilangkan protein yang terikat DNA

Menggunakan CTAB, SDS, phenol, chloroform, nonidet P40
berbagai chaotropic, urea, guanidium isothiocyanate, guanidium thiocyanate, N-lauroyl sarcosine

Bertujuan untuk menghilangkan kontaminan biomolekul lainnya seperti polisakarida, lipid, RNA, dan metabolit sekunder lain, dengan cara mengurangi kelarutan DNA dalam air.

Diilakukan dengan menggunakan alkohol absolut atau isopropanol.

Spektrofotometri Biodrop µLite

DNA dibilas dengan alkohol 70% untuk memurnikan DNA dari alkohol absolut dan enzim RNAse

Mesin Elektroforesis BioRad

Pemurnian dari alkohol absolut diperlukan karena senyawa polifenol dapat menghambat reaksi yang melibatkan Taq polimerase saat amplifikasi, mengurangi kemurnian DNA dan mengurangi hasil ekstraksi.

Mikropipet 1-10 µl, 10-100 µl,
dan 100-1000 µl

Waterbath

Sorvall Legend Micro 21R Centrifuge

Enzim RNAse juga diperlukan untuk memastikan tidak ada lagi kontaminan RNA yang terbawa.

Lemari Pendingin -20°C

Vortex

Timbangan Analitik

Alat dan Bahan untuk analisis

Bahan

Alat

click to edit

Definisi

DNA terdiri dari 3 komponen utama, yaitu:Gugus

Isolasi DNA adalah proses pengambilan keseluruhan DNA dari sel suatu organisme melalui berbagai proses balik fisik, biologis maupun kimiawi. Proses isolasi bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen sel lainnya agar dapat diketahui informasi genetik yang dimiliki sel atau organisme.

DEFINISI DNA
DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan informasi genetik utama pada hewan, manusia, tanaman, dan beberapa jenis virus. DNA menyimpan dan menyandi instruksi genetika yang penting dalam proses pertumbuhan dan perkembangan fungsi organisme

DOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULAR
Molekul DNA sebagai pembawa materi genetik hampir pada semua makhluk hidup, kecuali beberapa virus.
Dogma sentral menjelaskan alur informasi genetik dari DNA ke RNA sampai menjadi protein yang fungsional melalui proses transkripsi dan translasi.
DNA----> RNA-----> Protein
Transkripsi ---Translasi ----

Larutan DNA isolat

Sterile water for injection

Lemari pendingin -20°C

Spektrofotometer Biodrop µLite

ANALISIS KUALITATIF

click to edit

Faktor yang mempengaruhi kemurnian

click to edit

Jumlah EDTA harus sesuai agar dapat menghilangkan kontanminasi RNA

Polyvinyl pyrolidone (PVP) untuk mencegahan peningkatan
tannin dengan DNA dan melindungi DNA

Saat penggerusan harus ditambahkan liquid nitrogen

β-merkaptoetanol sebagai antioksidan yang mencegah
oksidasi senyawa polifenol dan menghilangkan polifenol

Tris-HCl untuk mempertahankan pH

Fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya sehingga akan menyebabkan protein mengalami presipitasi, yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA dengan teknik sentrifugasi.

DNA dapat disimpan pada air deion atau TE Buffer pada suhu -20 sampai -80 derajat celcius.

Penyimpanan ini bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat lebih stabil dan tahan lama karena disimpan dalam kondisi terpresipitasi.