Please enable JavaScript.
Coggle requires JavaScript to display documents.
ISOLASI DNA - Coggle Diagram
ISOLASI DNA
Tujuan Isolasi DNA
Isolasi DNA seringkali merupakan langkah pertama sebelum analisis lebih lanjut seperti :
DNA profilling
Cloning
Diagnosa penyakit
DNA sequencing
Genetically Modified Organisms (GMO) - agriculture, pharmaceutical
Environmental testing
Biodefense
Halal Analysis
Faktor yang mempengaruhi kemurnian
Jumlah EDTA harus sesuai agar dapat menghilangkan kontanminasi RNA
Polyvinyl pyrolidone (PVP) untuk mencegahan peningkatan
tannin dengan DNA dan melindungi DNA
Saat penggerusan harus ditambahkan liquid nitrogen
β-merkaptoetanol sebagai antioksidan yang mencegah
oksidasi senyawa polifenol dan menghilangkan polifenol
Tris-HCl untuk mempertahankan pH
Alur kerja genomik
Isolasi DNA
Precipitate
Presipitasi protein
Bertujuan untuk menghilangkan protein yang terikat DNA
Menggunakan CTAB, SDS, phenol, chloroform, nonidet P40
berbagai chaotropic, urea, guanidium isothiocyanate, guanidium thiocyanate, N-lauroyl sarcosine
Fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya sehingga akan menyebabkan protein mengalami presipitasi, yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA dengan teknik sentrifugasi.
Presipitasi DNA
Bertujuan untuk menghilangkan kontaminan biomolekul lainnya seperti polisakarida, lipid, RNA, dan metabolit sekunder lain, dengan cara mengurangi kelarutan DNA dalam air.
Diilakukan dengan menggunakan alkohol absolut atau isopropanol.
Purification
DNA dibilas dengan alkohol 70% untuk memurnikan DNA dari alkohol absolut dan enzim RNAse
Pemurnian dari alkohol absolut diperlukan karena senyawa polifenol dapat menghambat reaksi yang melibatkan Taq polimerase saat amplifikasi, mengurangi kemurnian DNA dan mengurangi hasil ekstraksi.
Enzim RNAse juga diperlukan untuk memastikan tidak ada lagi kontaminan RNA yang terbawa.
Lysis
Kimiawi
Dilakukan dengan menggunakan senyawa yang akan menyebabkan dinding / membran sel lisis, contoh SDS / CTAB
Enzimatis
Dilakukan dengan menggunakan enzim yang akan menyebabkan lysis protein seluler, contoh proteinase K
Mekanik
Dilakukan dengan menggunakan mortir atau stamper, serta penambahan nitrogen cair
DNA dapat disimpan pada air deion atau TE Buffer pada suhu -20 sampai -80 derajat celcius.
Penyimpanan ini bertujuan agar sampel DNA yang telah diekstraksi dapat lebih stabil dan tahan lama karena disimpan dalam kondisi terpresipitasi.
Amplifikasi DNA (PCR)
Sampel
Elektroforesis hasil PCR
Analisis Data
Alat dan Bahan untuk analisis
Bahan
Larutan DNA isolat
Sterile water for injection
Alat
Lemari pendingin -20°C
Spektrofotometer Biodrop µLite
ANALISIS KUALITATIF
Sumber Isolasi DNA
Sel DNA hewan
Sel DNA tumbuhan
Sel DNA manusia
Bahan dan Alat
Bahan
Water Free Nuclease
Satu set pereaksi dalam kit "NucleoSpin Plant II (Machery-Nagel)" yang terdiri dari lysis buffer PL1, binding buffer PC, washing buffer PW1 dan PW2, dan elution buffer PE (5mM Tris.HCL, pH 6,5)
Agarose
Liquid nitrogen
Marker BenchTop 100 bp DNA Ladder
Sampel
Buffer TAE
Alat
Spektrofotometri Biodrop µLite
Mesin Elektroforesis BioRad
Mikropipet 1-10 µl, 10-100 µl,
dan 100-1000 µl
Waterbath
Sorvall Legend Micro 21R Centrifuge
Lemari Pendingin -20°C
Vortex
Timbangan Analitik
Definisi
DNA terdiri dari 3 komponen utama, yaitu:Gugus
Isolasi DNA adalah proses pengambilan keseluruhan DNA dari sel suatu organisme melalui berbagai proses balik fisik, biologis maupun kimiawi. Proses isolasi bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen sel lainnya agar dapat diketahui informasi genetik yang dimiliki sel atau organisme.
DEFINISI DNA
DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan informasi genetik utama pada hewan, manusia, tanaman, dan beberapa jenis virus. DNA menyimpan dan menyandi instruksi genetika yang penting dalam proses pertumbuhan dan perkembangan fungsi organisme
DOGMA SENTRAL BIOLOGI MOLEKULAR
Molekul DNA sebagai pembawa materi genetik hampir pada semua makhluk hidup, kecuali beberapa virus.
Dogma sentral menjelaskan alur informasi genetik dari DNA ke RNA sampai menjadi protein yang fungsional melalui proses transkripsi dan translasi.
DNA----> RNA-----> Protein
Transkripsi ---Translasi ----